COMSOL作为一款使用广泛的商业软件,操作简单、具有三维计算能力。但是对计算机资源消耗很大,对于精度或维度要求较高的算例,个人电脑往往难以支撑。
在超算平台上运行COMSOL是解决该问题的方法之一。本期以并行科技公司的超算云为例,展示如何在基于Linux和slurm任务调动系统的云平台上配置和运行COMSOL算例。
一、安装
在云计算平台上需要安装基于Linux系统的COMSOL Multiphysics软件。注册好云计算平台后,需向技术人员申请开通VNCviewer或Xshell + Xmanager,从而实现对访问远程服务器的可视化访问,便于对COMSOL直接进行图形化安装。
以VNCviewer为例,首先需要将COMSOL安装包通过WINSCP或快传软件完整上传至服务器,并在安装包路径中找到COMSOL的安装文件:
注意不要直接点开setup.exe或左边的setup文件,否则会出现文件报错或文件以只读方式打开(如下图):
应在VNCviewer中启动命令行窗口,在命令行进入安装路径文件夹后,输入./setup命令,即可启动图形化安装界面:
等待程序启动后正常安装即可。
二、提交作业
安装完成后,可使用两种方法运行COMSOL:
(一)在VNCviewer中直接使用COMSOL。该方法存在远程操作延迟大,需要预约vnc时间,计算完成后无通知等问题,并不推荐。
(二)在命令行中向SLURM任务调度系统提交脚本执行计算。COMSOL支持多种调度系统,更为详细的介绍可参考COMSOL网站的帮助资料。
我们采用方法(二)。以向SLURM系统提交COMSOL案例库中的icp_troch.mph为例:首先需要根据调用的主机数、内核数、输入文件名,输出文件名、日志文件名等计算信息和路径信息编写如下脚本文件,并保存为batch.slurm:
接下来运行命令行(如Putty),执行sbatch batch.slurm命令即可完成任务提交。为了确认任务提交成功,可以执行squeue命令列出正在运行的算例:
等待计算任务执行结束即可。
三、参考资料
(1)COMSOL在Linux上的安装:
http://cn.comsol.com/support/knowledgebase/1086
(2)在集群上并行运行COMSOL:
http://cn.comsol.com/support/knowledgebase/1001
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