linux系统bwa安装,BWA安装报错解决方案

在使用虚拟机安装BWA时，出现报错，报错信息见下文。经过核查，虚拟机为32位的系统，而BWA主要支持64位系统，由于相关配置太多，不想重装系统重新来过，解决方案如下：

以bwa-0.7.4版本为例，修改Makefile文件前面几行：

CC=  gcc

CFLAGS=  -g -Wall -O2 -msse -mmmx

-msse2

AR=  ar

DFLAGS=  -DHAVE_PTHREAD

LOBJS=  utils.o kstring.o ksw.o bwt.o

bntseq.o bwa.o bwamem.o bwamem_pair.o

AOBJS=  QSufSort.o bwt_gen.o bwase.o

bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o \

is.o bwtindex.o bwape.o

kopen.o pemerge.o \

bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o

bwtsw2_aux.o bwt_lite.o \

bwtsw2_chain.o fastmap.o

bwtsw2_pair.o

PROG=  bwa

INCLUDES=

LIBS=  -lm -lz -lpthread

······

报错信息如下：

gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD

-DUSE_MALLOC_WRAPPERS  ksw.c -o ksw.o<