gcc10环境下bwa安装报错的解决方案

G_P_Liu

已于 2022-07-25 15:37:58 修改

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分类专栏： SNPCalling 文章标签： linux

于 2022-07-25 12:32:32 首次发布

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在CentOS 7.9与GCC 10.2环境下安装bwa时遇到编译错误，由于GCC10默认选项导致多处定义冲突。通过修改bwa源码中的rle.h文件解决了问题。其他可能的解决方案包括更新bwa到0.7.18版本或调整Makefile。已成功编译并运行。

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在centOS-release-7.9.2009，gcc-10.2.0环境下安装bwa时报错：

gcc -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwashm.o bwase.o bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o bwape.o kopen.o pemerge.o maxk.o bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o main.o -o bwa -L. -lbwa -lm -lz -lpthread -lrt
./libbwa.a(rope.o):(.rodata+0x30): multiple definition of `rle_auxtab'
./libbwa.a(bwtindex.o):(.rodata+0x58): first defined here
./libbwa.a(rle.o):(.rodata+0x0): multiple definition of `rle_auxtab'
./libbwa.a(bwtindex.o):/home/liugp/software/bwa/bwa-0.7.17/bwtindex.c:61: first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [bwa] Error 1

原因是gcc 10默认‘-fno-common’，使得C类似于C++，可执行文件中的每个对象只能有一个定义。解决方式参考：

Fix building against GCC 10

按照链接中提供的代码将rle.h文件第33行替换后已成功编译。

其他解决方案参考：

GCC 10 and Makefile fixes #267

bwa 0.7.18 download to fix compile fail with GCC 10

没有测试。