在Ubuntu中安装bwa和samtools的问题汇总

叽叽呱呱~许个愿望吧

我接触生信已经七个多月了，可是我还是看不懂文献，希望我能进步多多！

 1.在Ubuntu中安装bwa库

1）首先通过

git clone https://github.com/lh3/bwa.git

 语句直接安装。这里需要注意的是安装路径，默认安装在/home/用户名。（比如我的是：   E:\ubuntu2004\rootfs\home\yujiee）

2）然后

cd bwa

3）

make 

去编译bwa文件，使其成为一个可执行的文件。如果编译成功，输入bwa会有其version command等等具体信息。

像这样：

4） 关于编译过程出现的一些问题汇总。（出错的顺序可能不太一样，出现什么错误去百度就好了，出错的原因主要是一些依赖包没有装上）

①最好在 /etc/apt/sources.list 里面装上国内镜像。国内镜像网址：Ubuntu服务器配置镜像源_靖哥哥吃糖的博客-CSDN博客_ubuntu镜像源配置 全部复制粘贴到sources.list里面。

②有些文件可能没有权限访问。可以试试 sudo chmod -R 777 文件夹名

③关于make: gcc: Command not found 这个错误，是因为没有装上gcc。可以试试

sudo apt-get  install  build-essential

④关于 utils.c:33:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory 这个错误，是没有装上依赖包。可以试试

sudo apt-get install zlib1g-dev

2.在Ubuntu中安装samtools

1）首先在 SAM tools - Browse /samtools at SourceForge.net 下载安装包，这里我使用的是 samtools-1.15.1版本。

2）然后解压至目标路径位置。

3）

cd samtools-1.15.1

less INSTALL  #可以查看文件说明和安装方法

./configure

make

4）如果编译成功，输入samtools会有其version command等等具体信息。

像这样：

5） 关于安装过程中出现的一些问题汇总。

①关于 bam_tview_curses.c:42:10: fatal error: curses.h: No such file or directory 这个错误

可以试试： 

sudo apt-get install libncurses5-dev

②关于 hts.c:46:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory 这个错误

可以试试：

sudo apt-get install zlib1g-dev

sudo apt-get install liblzma-dev

③关于 cram/cram_io.c:53:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory 这个错误

可以试试： 

sudo apt install libboost-all-dev

sudo apt-get install libbz2-dev

④关于 E: dpkg was interrupted, you must manually run 'sudo dpkg --configure -a' to correct the problem. 这个错误，是因为在安装libboost时电脑卡住了，所以我stop了前面的命令，想要重新运行，结果出现了这个错误。解决方法就是删掉已安装的文件，重装。

删除命令：

sudo rm /var/lib/dpkg/info/libboost*

sudo rm /var/lib/dpkg/info/libbz2*

重新安装命令：

sudo apt-get install libboost-all-dev --reinstall

sudo dpkg --configure -a

sudo apt install libboost-all-dev

sudo apt-get install libbz2-dev

⑤关于 hfile_libcurl.c:47:10: fatal error: curl/curl.h: No such file or directory 这个错误

可以试试：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

参考文章：

BWA使用详解 - 简书

解决 Boost安装：fatal error: bzlib.h: No such file or directory 问题 - 码上快乐

Ubuntu错误提示 E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock-frontend - open_凌盛羽的博客-CSDN博客

错误fatal error: curl/curl.h: No such file or directory解决方案_jndingxin的博客-CSDN博客

安装bedtools报错 cram/cram_io.c:57:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory - 小鲨鱼2018 - 博客园

dpkg: unrecoverable fatal error, aborting: files list file for package 'libselinux1:armhf'_wuyoulv的博客-CSDN博客