linux下pfam使用方法,无root权限安装Pfam的笔记

本文主要解决问题：you may need to install the Bio::Pfam::Scan::PfamScan module

1，需要先安装 HMMER3软件：

下载地址：http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz

然后解压，进入软件hmmer3所在目录，开始安装软件：

./configure --prefix=你想把软件安装的目录的绝对路径

make

make install

把bin目录加入环境中：export PATH=/path/to/install/hmmer3/bin:$PATH

2，Pfam软件安装

Pfam软件下载地址：wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam//Tools/PfamScan.tar.gz

下载后解压进入文件夹，下载对应数据：wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/active_site.dat

最新版的Pfam数据库不再有Pfam-B了，所有直接下载Pfam-A.hmm，Pfam-A.hmm.dat 和active_site.dat，下载完成后解压所下载文件：gunzip Pfam-A.hmm.gz  Pfam-A.hmm.dat.gz active_site.dat.gz

3.通过hmmerspress格式化Pfam数据库：hmmpress Pfam-A.hmm

4，把Pfam目录加入环境，pfam_scan.pl所在目录。

export PERL5LIB=/path/to/pfam_scan:$PERL5LIB

5，安装Perl模板Moose

因为没有root权限，不能直接使用cpan命令安装，所有获取自己的私人cpan下载器：

wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib

eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`

echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile

echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile

然后使用cpanm Moose安装Moose模块。

7，将PfamScan目录下的Bio文件夹移动到perl5/lib/perl5/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi目录下，主要是解决以下错误：

> Can't locate Bio/Pfam/Scan/PfamScan.pm in @INC (you may need to install the Bio::Pfam::Scan::PfamScan module) (@INC contains: /lustre/home//perl5/lib/perl5/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/perl5/lib/perl5/5.28.1 /lustre/home/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/perl5/lib/perl5 /home/bio/date/perl5/lib/perl5 /home/bio/date/perl5/lib /lustre/home/bio/date/perl5/lib/site_perl/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/bio/date/perl5/lib/site_perl/5.28.1 /lustre/home/bio/date/perl5/lib/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/bio/date/perl5/lib/5.28.1) at ./pfam_scan.pl line 8.

参考：http://www.dxy.cn/bbs/topic/36423694