无root权限安装Pfam的笔记

最新推荐文章于 2023-10-12 17:45:05 发布
最新推荐文章于 2023-10-12 17:45:05 发布
阅读量2.8k 收藏 1
点赞数
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36668906/article/details/86478779
版权
本文详细介绍了如何在无root权限的环境下安装Pfam和HMMER3软件。首先，下载并安装HMMER3，接着下载Pfam软件及相关数据，然后格式化Pfam数据库，最后通过设置环境变量和安装Perl模块Moose来运行PfamScan。
摘要由CSDN通过智能技术生成

本文主要解决问题：you may need to install the Bio::Pfam::Scan::PfamScan module

1，需要先安装 HMMER3软件：

下载地址：http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz

然后解压，进入软件hmmer3所在目录，开始安装软件：

./configure --prefix=你想把软件安装的目录的绝对路径

make

make install

把bin目录加入环境中：export PATH=/path/to/install/hmmer3/bin:$PATH

2，Pfam软件安装

Pfam软件下载地址：wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam//Tools/PfamScan.tar.gz

下载后解压进入文件夹，下载对应数据：wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/curren

最低0.47元/天 解锁文章
西厢老妖
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
linux下pfam使用方法,使用pfam-scan进行预测
weixin_42525428的博客
05-13 3058
一、 安装使用conda安装Pfam_scan$ conda create -n pfam_scan ##可新建一个环境，用于安装pfam-scan$ source activate pfam_scan$ conda install pfam_scanpfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷.安装hmmer3 , 使用以下命令安装：$ wget http://eddy...
linux下pfam使用方法,无root权限安装Pfam的笔记
weixin_39608748的博客
05-13 1144
本文主要解决问题：you may need to install the Bio::Pfam::Scan::PfamScanmodule1，需要先安装HMMER3软件：下载地址：http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz然后解压，进入软件hmmer3所在目录，开始安装软件：./configure --prefix=你想把软件安装的目录的绝对路径...
linux系统下安装pfam数据库中hmmer软件以及python3非root用户的安装
zjy1125的博客
11-03 1568
linux系统下安装pfam数据库中hmmer软件以及python3非root用户的安装 http://hmmer.org/从该链接下载源，其中有Userguide.pdf 下载，解压缩并切换目录 之前已下载python3，但是一直没安装成功。 从头开始下载安装参考这篇博客：https://www.cnblogs.com/jimlau/p/12049808.html 首先创建目录 mkdir -p /home/jyzheng/software/python3.6 编译安装 ./configure --
bioruby-hmmer3_report:HMMER 3软件包中用于hmmsearch和hmmscan的解析器
05-17
bio-hmmer3_report HMMER 3软件包中用于hmmsearch和hmmscan的解析器类。 例子 描述 # Input from string: data = String.new data << '# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord' data << "\n" << '# target name accession tlen query name accession qlen E-value
Prokka原核生物基因组注释centos安装
Curry_chenhu的博客
12-19 1756
安装 https://github.com/tseemann/prokka 问题 Prokka不会生成所有文件，但是在直接从命令行运行时可以正常工作 错误日志显示 Bio::SearchIO: hmmer3 cannot be found 解决 cpanm Bio::SearchIO::hmmer
BigScape
最新发布
senayao的博客
10-12 361
构建BGC序列相似性网络，将BGCs分组到基因簇家族中，探索与酶系统发育相关的基因簇多样性，探索大量基因组中生物合成基因簇（BGC）的多样性。下载Pfam-A数据库，并处理。2.2mibig数据库。2.1pfam数据库。
pfam2go-sqlite:SQLite中的Pfam，基因本体论和UniProt映射
03-18
2. `setup.py`: 用于安装和配置pfam2go-sqlite的Python包的脚本。 3. `requirements.txt`: 列出了运行此项目所需的所有Python依赖库。 4. `data/`: 可能包含预处理的Pfam、GO和UniProt数据，以及SQLite数据库文件。 ...
行业分类-设备装置-机械装置PFAM结构化分解方法.zip
09-12
标题中的“行业分类-设备装置-机械装置PFAM结构化分解方法”暗示了这是一个关于机械设备领域，特别是关于PFAM（Process Function Analysis Method，过程功能分析方法）的应用教程或指南。PFAM是一种系统工程方法，...
pfam_maps:用于 Web 界面的 Django 应用程序，用于手动管理小分子绑定到 Pfam-A 域的映射
07-01
此存储库适用于 Django 应用程序，该应用程序支持将描述的 Pfam-A 域的小分子绑定映射到给定 ChEMBL 版本的目标词典。 手动策展分配可以使用 Web 界面进行，并存储在添加到默认 ChEMBL 模式的表pfam_maps中。 可以...
deepbgc:使用深度学习进行BGC检测和分类
05-15
DeepBGC使用双向长期短期记忆递归神经网络和Pfam蛋白域的word2vec样载体嵌入。 使用随机森林分类器预测产品类别和检测到的BGC的活性。 :pushpin: 消息 :pushpin: DeepBGC 0.1.23：预测BGCs现在可以在antiSMASH...
pfam基本介绍，以及蛋白质序列下载
热门推荐
Soraa的博客
01-13 2万+
Pfam网站地址：http://pfam.xfam.org/ 主页面 1. 检索 序列搜索：分析您的蛋白质序列以进行Pfam匹配 查看PFAM条目：查看Pfam批注和对齐方式 查看一个clan：查看相关条目组 查看序列：查看蛋白质序列的结构域组织 查看结构：在PDB结构上查找域 关键词搜索： 通过PFAM号检索： 2. 浏览 其中一些关键词： Domain: 一个结构单元 Motif： A short unit found outside globular domains CLAN: 对多.
Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC问题极简解决
weixin_43960055的博客
03-20 1万+
遇到了Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC，不能use Bio::SeqIO。 尝试了各种方法来解决： 一、 用如下命令安装bioperl，结果显示不行。 $ conda install -c bioconda perl-bioperl 二、也采用网上如下步骤用cpan安装bioperl，但是显示有些依赖不能编译成功。强行调用bioperl，不能成功是意料之中。 Bioperl的简单安装 发表于 2013 年 11 月 18 日 按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装
Tsung压测踩坑之报表生成报错: Can't locate Template.pm in @INC (you may need to install the Template module)
anndy_的专栏
03-12 1万+
用tsung_stats.pl生成报表: admin@iZa:~$ sudo tsung_stats.pl 报错如下：Can't locate Template.pm in @INC (you may need to install the Template module) 原因：没安装perl画图模板库 libtemplate-perl 解决方法：admin@iZa:~$ sudo a...
pfamscan 的使用_使用pfam-scan进行Pfam注释
weixin_39886238的博客
12-20 3496
安装使用conda安装123conda create -n pfam_scan ##可新建一个环境，用于安装pfam-scansource activate pfam_scanconda install pfam_scanpfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷使用首先，使用hmmer给数据库建立索引1hmmpress Pfam-A.hmm执行程序1pfam_scan...
使用HMMER搜索PFam
javafalcon的专栏
11-26 7549
1. 安装HMMer 2. 从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/下载pfam数据库Pfam-A.hmm 3. 得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件，需要将其变成二进制格式，以加快运算速度，同时进行压缩，并建立成索引数据库。 命令： hmmpress Pfam-A.hmm  3。使用 hmmscan 进...
linux下pfam使用方法,pfam数据库介绍及使用
weixin_42502448的博客
05-13 5888
一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个结构特异并且功能不同的区域，这些区域称之为domain，domain 可以看作蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定，研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能，而具有相同结构域的基因往往形成一个基因家族。基因家族是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，...
Can't locate SVN/Core.pm in @INC (you may need to install the SVN::Core module)报错
若末lan的博客
05-11 1万+
刚开始用mac,啥都不知道，原来它自带了git，svn;但是我用sourcetree，还有apicloud studio2都会报错， Can't locate SVN/Core.pm in @INC (you may need to install the SVN::Core module) (@INC contains: /usr/local/git/lib/perl5/site_perl...
install Bio::seqIO
m0_54186398的博客
03-08 1729
perl -MCPAN -e shell cpan[1]> install Module::Build Reading '/root/.cpan/Metadata' Database was generated on Sat, 06 Mar 2021 02:55:31 GMT o confFetching with LWP: http://www.perl.com/CPAN/authors/01mailrc.txt.gz oReading '/root/.cpan/sources/auth
hmm_file = f'{hmm_dir}{[item for item in os.listdir(hmm_dir) if item.startswith("Pfam-A") and item.endswith(".hmm")][0]}'
07-12
这段代码的作用是根据指定的目录 `hmm_dir`，找到以 "Pfam-A" 开头且以 ".hmm" 结尾的文件，并将文件路径赋值给变量 `hmm_file`。其中，`os.listdir(hmm_dir)` 返回指定目录下的所有文件和文件夹，然后使用列表推导...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值