课程大纲:
TCGA简介
1、带你熟悉新版TCGA界面
2、TCGA包含哪些数据,哪些是公开可用的?作为新手,下载什么水平的数据最易上手
3、TCGA文件ID介绍,让你不在懵圈
实例演示TCGA数据下载、整合
1、单个癌症特定类型数据下载(基因表达数据),可直接下载或借助下载工具GDC Data Transfer Tool
2、R处理数据的基本操作——数据整合、ID对应
TCGA简单应用——某种癌症的差异基因筛选
1、应用R进行差异表达基因筛选流程
2、使用R软件包进行差异表达基因统计分析、火山图和聚类图制作
附录:
课件、代码及数据下载:TCGA入门
链接: https://pan.baidu.com/s/1WYIUGmWA5kdxVhk2BEqISA 密码: ysi9