学计算机的怎样分析TCGA数据库,开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！

原标题：开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！

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在肿瘤研究领域，相信没有人不知道The Cancer Genome Atlas (TCGA)。

TCGA是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析技术，以帮助人们对癌症有个更好的认知，从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。

作为目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上(覆盖33种癌症类型，超过30000例肿瘤样本，超过20000个基因的表达信息)，还体现在多组学数据(包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP等)。

TCGA作为肿瘤研究中资源最丰富，数据最权威的数据库，自然受到广大科研工作者的深入挖掘。无数的文章脱胎于通过挖掘TCGA数据，同时也促使了不计其数的衍生的数据库用于挖掘可视化TCGA这个巨大的资源。

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TCGA相关数据库

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综合型数据库

在这些不计其数的数据库中，有那么几个数据库由于其超强实用的功能，为肿瘤研究者青睐，受到普遍关注。

➱TCGA官方网站

官网https://portal.gdc.cancer.gov/

最权威的网站资源(数据可以无代码下载，当数据较大时也可以通过GDCRNAtools工具包下载)

➱cBioPortal

官网http://www.cbioportal.org/

一个基于TCGA数据库，进行可视化分析的网页，不需要代码，里面内容十分丰富，提供了最详细的TCGA在线分析展示。业界人称“TCGA数据挖掘终结者”。(数据可以无代码下载，也可以通过CGDSR工具包下载)

➱Oncomine

官网

https://www.oncomine.org/resource/login.html

目前最大的癌症基因芯片数据库ÿ