【数据比对hisat2和samtools】零基础看懂运行代码、报错Q&A—结尾有彩蛋

生信侠女修修安

已于 2023-12-11 23:03:42 修改

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分类专栏： RNA-seq上下游分析全流程 NGS之RNAseq数据的相关软件详解文章标签： linux 运维服务器

于 2023-12-06 13:17:10 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_56701701/article/details/134753676

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本文详细介绍了如何在Linux环境下安装和使用hisat2进行RNAseq序列比对，以及如何利用samtools将比对结果转化为bam文件并进行排序。在遇到比对率低的问题时，作者提供了排查方法。此外，还讲解了如何通过IGV查看比对结果，以及使用featureCounts进行注释和计数，强调了基因组和注释文件来源的一致性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

接上文：fastp与fastqc和multiqc代码

fastp -A -L -Q -f 12 -F 12 -5 -i NC-1.R1_val_1.fq.gz -I NC-1.R2_val_2.fq.gz -o NC-1.R1_val_1_fastp.fq.gz -O NC-1.R2_val_2_fastp.fq.gz 
1~6，-D默认是3
fastqc *fq.gz -o qc/ -t 10
multiqc qc/ -o multiqc -n zz

#安装hisat2软件

1、进入minhe环境，cd命令进入 ~./miniconda3/pkgs(我的这个项目数据清洗所需软件的默认环境和安装位置，安装位置可以理解为软件的工作路径）

conda activate minhe
cd ~./miniconda3/pkgs

2、安装（小tips,conda安装软件且管理软件有天然优势，优先选用；若没有conda或conda装不上找不到,才用源代码安装）

conda install -y hisat2=2.2.0   #conda安装快
wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/fE9QCsX3NH4QwBi/download  #源码安装（很慢）
wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download  #预编译安装

#源码在哪里找？进入hisat2官网https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/，复制source链接就是源码；预编译安装在哪里找？同上，不是source,而是linux_x84_64的链接

3、解压


unzip hisat2-2.2.0-source.zip 
unzip hisat2-2.2.0-source.zip -p 路径   #-p解压到指定位置，没有的话就是当前所在路径

4、切换cd进入hisat2-2.2.0

cd hisat2-2.2.0   #切换路径
make    #编译
hisat2 --version   #查看版本，判断是否安装成功

比对基础知识RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化 - 简书 (jianshu.com)

转录组（RNA-Seq）比对方案：ungapped alignment to transcriptome

基因组（DNA-Seq）比对方案：Gapped aligenment to genome

比对软件： hisat2（快些，失真）和STAR

比对目的：

1、找差异表达基因，只需要确定不同的read计数，用bowtie, bwa，salmon（这类align-free工具）更快。

2、寻找新的可变剪切isoform，RNA的可变剪切，需要看外显子差异，用TopHat, HISAT2或STAR找剪切位点。原理是？DNA在转录成mRNA的时候会把内含子部分去掉。所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列，会被分开，重新比对一次，判断中间是否有内含子。

比对要用到index:参考基因组序列，经过BWT算法转换成index(网站下载

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