python dict批量选择_根据ID从FASTA文件中批量提取序列【Python脚本】

博主是一个刚刚接触生信的新手，正在学习Linux和Python，偶尔会在该博客上面发布自己练习编程写的脚本，用来记录自己的学习之路。

介绍

根据序列的ID号从FASTA文件中批量提取序列是在平时常常要做的工作，Linux当中grep和awk工具、Perl语言和Python语言，以及samtools等都可以实现，以下是博主用Python实现的从FASTA文件中批量提取序列的脚本。

说明

• 需要用到fasta文件和ID的list文件。
• 所要提取的序列的ID需要提前写进一个文件中，每行一个。
• 提取结果也以文件的格式保存，默认为result.fa

脚本如下

1. 采用click模块添加命令行参数。

# -*- coding: utf-8 -*-

2. 另一种方法，将FASTA文件中的序列导入字典中进行查找，速度远快于上一种。

# -*- coding: utf-8 -*-

3. 第三种方法，与第二种方法实现功能的核心算法一样，加入了getopt模块，可添加命令行参数。

import 

4. 实现功能的算法与方法一相同，通过fire模块解析命令行参数。

import 

博主也是刚刚学习Python，如有错误，欢迎指正~