linux下筛选需要的ID列,这个方法仅适用于在vcf文件中。
vcf文件:
前8列是固定的,后面的列是个体ID,现在我要根据需要的ID筛选这个vcf文件。需要的ID放到yes.txt文件里
使用的命令为:
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
如果是要去掉yes.txt文件ID列,那么就把keep改成remove。
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove id.txt > out.vcf
参考链接:https://www.omicsclass.com/article/647