Cytoscape安装及使用

最近小编在使用Cytoscape软件，觉得真不错，哈哈，以下是关于此软件简单的安装和使用方法，觉得有用的小伙伴可以看看。

一、Cytoscape简介

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。

通过Cytoscape，可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或蛋白质等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋白与蛋白相互作用（pp），DNA与蛋白相互作用（pd）等。

二、Cytoscape安装

1、JAVA：Cytoscape的安装使⽤建⽴在JAVA的基础上，先安装JAVA
https://www.java.com/zh_CN/

2、下载Cytoscape
http://cytoscape.org/

安装包下载链接：
链接: https://pan.baidu.com/s/1B6RTHgCKIEJISMMYTylXMA?pwd=3c42
提取码: 3c42

3、默认安装即可