Ubuntu20.04安装ANTs

本教材来自官网和知乎，非零基础向。
官网教程：

https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Compiling-ANTs-on-Linux-and-Mac-OS

以及来自知乎 吴小粥博士：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/117609588

PS（好巧，我俩同姓，有缘分）。

其实官网教程给出了两种安装，一种是SuperBuild，也给出了示例的sh脚本，一种是cmake自己编译。
两种我都试过了，给大家排坑了，SuperBuild我个人在linux运行的时候报错了，输出的installation文件夹是空白，我仔细检查了下它的脚本，脚本里指定下载的是2.3.1版本，加上脚本又报错了，我没细纠报错原因（其实是忘记截图了），而且我个人不喜欢这种限定死版本号的方式（主要他是8个月前发布的，截止到今天貌似是2.3.4版本了），所以我就用cmake自己编译了。

总的来说，编译流程还算顺利，看了官网给的教程，要建立build和install文件夹，但是我发现了知乎里有位同行写的更详细，我就把地址搬过来了，她的辛苦值得肯定。

按照她的流程走了一遍，很顺利，这里我只贴出来命令，建议大家还是去文章地址去观看，另我再写点自己的想法。

#回到桌面
cd 
#下载ANTs源代码
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
#下载cmake
wget https://cmake.org/files/v3.21/cmake-3.21.0-linux-x86_64.sh
#安装cmake
sh cmake-3.21.0-Linux-x86_64.sh
sudo apt-get install cmake-curses-gui
#创建文件夹build和install
mkdir build install
cd build
#开始编译
ccmake ../ANTs
make -j 2 2>&1 | tee build.log

这里，如果说没有tee命令（一般是有的），那就可以换成：

make > build.log 2>&1 

这个build.log其实主要是为了记录运行的log，如果报错会记录在log里，方便回查问题。
成功的界面：

编译完成后，您将看到一个子目录ANTS-build。这是运行安装的位置。

cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

然后把opt/ANTs放到/usr/local下面（注：这一步不是必须，只是我个人喜欢整洁的界面，所以我把软件都放在/usr/local下，你也可以不放，直接就设置环境）
然后设置路径，把{HOME}替换成自己想要的地方，比如我是放在了/usr/local下面。

export ANTSPATH=usr/local/ANTs/bin/
export PATH=${ANTSPATH}:$PATH

检查安装：

对于这个文章我多提几句话，官网说用cmake编译，运行的时候用了ccmake命令，所以cmake-curses-gui是要安装的，安装了才有ccmake命令。
然后就是关于一些参数的设置成off，上面那个文章里讲的是对的，但是不全，比如我按照她的设置就报错了。这个时候我反过来看官网教程，我发现官网给的脚本里其实写出来了要设置成off的地方，如图官网脚本所示：

基本大家报错的地方，跟文章不一样的地方，可能90%都是这里，把这个跳过去基本就没坑了。
另外，这个我是用的官网默认的双线程运行的，我的电脑大概运行了1小时不到，有点慢，大家可以根据自己的电脑改成4线程，但是新手的话还是跟我一样吧。

个人感觉，这个安装不难，跟着官网教程走基本就ok，目前全网应该没有比我更详细和友善的中文教程了。
写这个教程，主要还是因为自己得益于开源软件，所以也就写下这个帮助不熟悉linux的医学生入门，能用上软件，做好科研。如果你在这篇的指导下安装成功，麻烦给我一个赞或者留言成功，让我开心下。

我下ANT主要是为了用mrtrix计算AFD，但是我没弄明白，这个ants算法，和FSL的fsl_ant算法的区别。
话说回来，我觉得mrtrix3用起来还挺舒服和顺手的。。。。就是mrview比较坑爹。

日常感谢开源，感谢开发ANT的贡献者们。