miniconda的安装与配置_转录组启动：Miniconda安装|Aspera高速下载测序数据|Fastp质控过滤...

安装miniconda

第一步：下载 miniconda3

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

第二步：配置执行权限

#7=4+2+1 r=4,w=2,x=1 可读可写可运行 
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#举例：-rw-r--r-- 第一个rw代表自己可读可写，第二个r代表用户组可读，第三个r代表其他组可读

第三步：安装 miniconda3

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source .bashrc

第四步：配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

下载基因组数据

第一种方法：SRA官方下载

第一步：进入NCBI SRA页面

样本概览

第二步：下载软件

还是在NCBI SRA页面

选择适合你系统的

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz

第三步：随便选择一个下载

prefetch SRR8956151

第二种方法：用Aspera下载

优点：速度快

第一步：Aspera软件的下载

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

第二步：Aspera软件安装

tar zxvf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

第三步：添加环境变量

vim .bashrc
export PATH=路径：$PATH
source .bashrc
which ascp

第四步：进入SRA Explorer 输入编号

第四步：使用Aspera下载

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR217/003/SRR2176363/SRR2176363.fastq.gz . && mv SRR2176363.fastq.gz SRR2176363_RNA-seq_of_Kidds-D_8_fruit_skin_with_flesh_at_stage_I_Rep._III.fastq.gz

过滤和质控

第一步：fastp、fastqc软件安装

conda install fastp
conda install fastqc

第二步：查看软件路径

#fastp速度更快可以进行质控+过滤，fastqc只进行质控
which fastp
which fastqc

第三步：质控+过滤

fastp -i P1_H3B_A.fq -o test.fq