查看基因组fasta大小的linux命令,科学网—使用MutMap快速定位突变基因：实战篇 - 曹务强的博文...

通过前面两篇文章对MutMap原理和分析流程的介绍，我们对MutMap的分析已经有了比较深入的了解，是时候来点儿数据实战一下了！

MutMap的发明者已经搭建好了一套Pepline，并写好了MutMap pipeline framework供大家免费使用。我们只需要将数据按照要求进行放置和命名，并通过非常简单的几个命令，将任务提交给服务器，经过三五天的分析(以水稻为例)，就可以拿到结果了。

1.分析环境的搭建

首先，我们需要有一台Linux服务器。由于分析过程中需要进行大量的运算，个人PC的配置根本吃不消。所以我们需要一台服务器，当然配置越高越好。在服务器上安装Linux系统，我们使用的是Redhat，当然也可以选择免费的Ubuntu或CentOS。

然后，在服务器安装如下软件：Perl (v5.8.8)   5.22.2

R (version 2.15.0)  3.0.1

BWA (version 0.5.9-r16)  本版

SAMtools (0.1.8 or before) 本版

(括号中的为推荐版本，后面的黑体为我自己使用的版本)

关于FASTX-Toolkit版本的选择：

一定要安装0.0.13及以上的版本，因为从0.0.13开始FASTX-Toolkit才开始支持Illumina 1.8+ Phred+33的质量打分规则，否则会报错。就这一个报错，花费了我一天的时间，直到使用conda安装了0.0.14版本才解决。(2018.01.24记)。

2.MutMap pipeline framework的下载和安装

先下载MutMap pepline程序,解压到Linux系