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原创 合作文章|转录组+代谢组解锁油菜高产密码!为油菜千粒重改良提供全新分子方案

该研究首次阐明了SnRK1复合体β亚基通过泛素化调控α亚基稳定性的作用模式,为油菜高产育种提供了关键基因资源和理论依据。研究还发现BnaKINβ1在不同发育阶段调控种子数量和角果长度的双重作用,揭示了其在资源分配中的核心地位。

2025-12-08 16:32:32 290

原创 成功案例|单细胞 + ATAC-seq 联手:解锁抑郁症免疫机制,CD4⁺T 细胞成疗效 “预判官”

该研究通过整合scRNA-seq、ATAC-seq、流式细胞术和细胞因子检测,构建了一个从现象到机制的完整证据链。其核心结论是:CD4+ naive T细胞的缺失及其内部的功能异质性是导致抗抑郁治疗反应差异的关键因素,而ETS-MAPK通路是驱动有益免疫激活的上游机制。这项工作为理解MDD的免疫病理生理学和开发新的生物标志物提供了重要见解。

2025-12-08 16:30:39 280

原创 七分饱真能抗衰?Aging Cell(7.1):长期热量限制可“重置”脑细胞基因,改善代谢,减轻炎症,为大脑成功“减龄”

总体而言,这项研究首次在灵长类模型中系统揭示了长期热量限制对大脑白质衰老的细胞分子级保护作用。它提示我们,衰老并非不可逆转的宿命,营养干预能够通过重塑细胞代谢、增强细胞间通讯、减轻炎症反应等多重途径,系统性延缓大脑功能的衰退。

2025-12-08 16:27:51 384

原创 合作文章|转录组 + WGCNA 联合解析:紫色小白菜芽花青素合成关键基因鉴定

明确紫色小白菜芽 0-6 天的表型与花青素积累规律:1d 为花青素合成启动点,6d 含量达最高(0.52 mg/g FW);鉴定花青素合成的关键基因:正调控基因BraPAP2.A03、BraTT8.A09、BraDFR.A09、BraANS.A01,负调控候选基因BraMYBL2.A07;揭示调控机制:早期以正调控为主驱动花青素合成,后期以负调控为主维持含量稳定,为紫色小白菜芽的品种改良与开发利用提供理论基础。

2025-11-25 17:10:58 166

原创 合作文章|RNA-seq+WGCNA分析揭示MYBL2如何“拿捏”作物花青素合成,植物学研究者、育种人必看!

研究发现,这16个MYBL2同源基因主要聚集成两个分支,且具有高度的进化保守性。对十字花科作物不同组织和器官的进一步RNA-seq分析表明,MYBL2同源基因在花青素积累的组织中显著上调。

2025-11-25 17:09:06 159

原创 合作文章|诸葛菜花色育种新依据:OvANS 基因是 “开关”,启动子插入致白花,研究成果出炉

该研究在诸葛菜(Orychophragmus violaceus)全基因组中鉴定出 98 个花青素生物合成相关基因,通过紫色野生型(OvP-37)与白色突变体(OvW-1)花瓣的比较转录组分析及 qRT-PCR 验证,发现OvANS基因是花色变异的核心—OvP-37中OvANS正常表达(花瓣中表达量最高)以促进花青素合成积累,使花瓣呈紫色,而OvW-1中OvANS因启动子区域存在两个片段插入(-1261bp 处 143bp、-1265bp 处 360bp)导致表达受抑(仅幼角果微量表达,其他组织几乎不表达)

2025-11-25 17:07:14 209

原创 合作文章|肝纤维化治疗新候选!五倍子多糖调节肠-肝轴,16S + 非靶代谢揭示深层机制

本研究发现,五倍子多糖可有效激活与抗氧化相关的 Nrf2 信号通路,并通过调控肠道菌群来调节肝脏代谢、缓解肝纤维化。肠—肝轴在调控关键代谢物及信号通路表达方面发挥着至关重要的作用,这凸显了菌群平衡与肝脏健康之间复杂的关联。通过恢复肠道菌群组成、增强抗氧化防御能力,五倍子多糖能够减轻氧化应激、降低炎症反应并支持肝脏再生。鉴于这些多方面的益处,五倍子作为预防和治疗肝纤维化的天然治疗剂具有重要的应用前景。未来研究可进一步探索其确切作用机制、最佳剂量及潜在的临床应用价值。

2025-11-17 14:51:46 210

原创 研究院报 | 研究新发现!越橘通过调节肠道菌群和代谢物改善大鼠糖尿病肾病

上述研究,不仅系统阐释了越橘提取物改善DN的积极作用,同时创新性提出"肠道菌群-血清代谢物-肾脏轴"调控机制,并阐明其在肾脏保护中的关键作用及分子基础。该研究为通过靶向干预肠道微生态及其代谢网络来防治DN提供了新视角。

2025-11-17 14:50:27 413

原创 合作文章|基因组+转录组双发力!巨大灵芝如何降解农业废料、耐受高温?核心基因已锁定

本研究针对具有高效木质纤维素降解能力和显著耐高温性(50℃可存活,最适生长温度 30-45℃)的巨大灵芝菌株GDGM58088,完成了首个高质量基因组组装注释(基因组大小49.13 Mb,组装为20个contig,含13063个蛋白编码基因),并通过转录组分析发现,CAZymes(如GH3、GH10、AA3)、CYP450 基因及Zn2-C6型转录因子在木质纤维素底物中显著上调,HSP90、DnaJ、C2H2/Zn2-C6 转录因子在高温下上调;

2025-11-17 14:47:56 296

原创 合作文章|糖尿病肾病治疗新希望,调控脂质代谢的关键“密码”—HSPA8

本研究证实HSPA8是糖尿病肾病(DKD)发生过程中调控T细胞内源性肾上腺皮质激素(SREBP)信号传导的关键调控节点。然而,持续性高血糖会通过抑制HSPA8的转录并加速其降解,抵消HSPA8对DKD的保护作用。使用HSPA8小分子诱导剂或含有HSPA8的外泌体可恢复其调控活性,从而抑制SREBP信号传导、阻止异常脂质过度生成,并减轻炎症和纤维化。这表明HSPA8可作为DKD的潜在治疗靶点,而应用HSPA8激活剂有望成为治疗DKD的有效策略。

2025-11-17 14:45:07 245

原创 合作文章|RNA-seq 找差异、miRNA 测序寻调控,解锁花椰菜花球紫变的科学真相

结果显示,Bna-miR289 和 Ath-miR157a 可能在调控花椰菜花球花青素积累过程中发挥关键作用。此外,研究利用降解组测序数据预测已鉴定 miRNA 的靶基因,最终确定 BolK_3g48940.1、BolK_9g11680.1、BolK_7g41780.1、BolK_3g68050.1 和 BolK_3g729700.1 为靶基因。之后,通过qRT-PCR验证这些 miRNA 及其靶基因的表达模式,结果表明,Ath-miR157a 及其靶基因 BolK_3g68050.1、BolK_3g729

2025-10-31 16:22:11 425

原创 解锁生命密码:单细胞转录组与bulk RNA-seq联合之妙

单细胞转录组与 bulk 转录组的联合分析,恰好补上了这一缺口。它既能让bulk的“整体差异”精准落地到具体细胞类型,又能让单细胞的“局部特征”回归组织层面的生物学意义,凭借“性价比高、结论可靠、易出创新性发现”的独特优势,已成为顶刊论文的“常客”,助力无数研究突破机制解析的瓶颈。

2025-10-31 16:01:42 635

原创 合作文章|探秘植物光合 “小马达” PSII:RPH1 基因如何避免其 “组装失败”?

RPH1 介导的细胞色素 b₅₅₉组装过程具有双重关键作用:一方面,在功能性细胞色素 b₅₅₉组装期间,该过程能保护 PsbE 和 PsbF 亚基免受强氧化剂的氧化损伤;另一方面,在光抑制光强条件下,该过程对保护 PSII 免受光损伤也至关重要。

2025-10-24 10:17:56 349

原创 合作文章|比较基因组+转录组,解锁芸苔属作物花青素合成的关键调控密码!

该研究解析了R2R3-MYB S6 亚家族在十字花科的进化保守性与芸苔属的功能分化,补充花青素调控网络,为芸苔属作物花青素分子育种(培育高花青素、抗逆、高营养品种)提供理论基础与分子标记。

2025-10-24 10:16:16 320

原创 合作文章|根结线虫难防治?研究揭示 CsHY5 调控黄瓜抗性的核心路径

该研究揭示了CsHY5通过整合光信号、激素通路与抗氧化系统以增强黄瓜对根结线虫抗性的新机制,为利用光调控或基因工程手段培育抗病品种提供了理论依据。

2025-10-15 14:38:08 338

原创 合作文章|DIA定量蛋白组助力!TRIM65调控DKD铁死亡-糖酵解的机制研究

本工作通过阐明糖尿病代谢变化、TRIM65翻译后修饰及其对肾功能和损伤的连锁效应之间的分子机制,展现出独特的研究价值。这些发现为开发靶向治疗DKD的创新疗法奠定了基础,未来有望通过调控TRIM65对糖酵解和铁死亡的调节作用来实现这一目标。

2025-10-15 14:35:44 183

原创 成功案例|蛋白组+代谢组+脂质组联合解析石斛多糖缓解阿兹海默病机制

本研究通过整合代谢组学、脂质组学、蛋白组学数据,揭示了DOP在阿尔茨海默病(AD)治疗中的代谢特征与蛋白质变化。药效学实验表明,DOP能显著改善AD小鼠的认知障碍和海马病理损伤。代谢组学与蛋白质组学分析显示,DOP可显著逆转43种差异代谢物和137种差异蛋白的水平。综合分析表明,促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路可能是DOP发挥神经保护作用的主要机制。综上所述,本研究为DOP治疗AD提供了新视角,并为深入探究其神经保护作用的分子机制提供了重要依据。

2025-09-28 09:55:18 230

原创 成功案例|从基因到代谢:是什么决定了牛肉的嫩度与色泽?多组学给出答案

肌纤维按收缩速率和代谢特性分为 I 型(慢肌 / 红肌)和 II 型(快肌 / 白肌),进一步可细分出四种亚型,且 I 型肌纤维线粒体含量高、糖酵解酶活性低,II 型(尤其 IIb 型)则相反,这种代谢差异对肉品质影响显著,如牛肉中 I 型纤维占比高与肉色更红、pH 更高、滴水损失更低相关。富集分析表明,这些差异分子富集于糖酵解、三羧酸循环(TCA)、脂肪酸氧化等与肌纤维类型相关的通路,结合肉品质及肌纤维特性检测发现,PM 肌纤维横截面积更小、I 型肌纤维占比更高。图5 LD与PM的代谢组学分析。

2025-09-25 14:18:41 465

原创 成功案例|WGCNA+ROC+PPI!多维度分析揭秘烟雾病与铁死亡的分子网络

首次明确铁死亡通路在 MMD 中存在显著异常,表现为血清中转铁蛋白、L - 谷氨酸水平升高,尿嘧啶水平降低,转铁蛋白受体 1(TFRC)为核心调控分子,推测其通过介导血管内皮损伤、形成 “缺氧 - ROS - 铁死亡” 恶性循环驱动疾病进展,且该通路异常及关键标志物经转录组数据与含 17 例 MMD 患者、13 例健康对照的独立队列验证。

2025-09-22 13:24:53 248

原创 成功案例|单细胞+空间联合揪出齿状回DG神经衰老的“炎症推手”

本研究通过单细胞RNA测序技术,系统解析了神经发生细胞及其周围齿状回微环境的转录组特征,揭示了从静息态神经干细胞激活到命运决定性子代成熟过程中与神经发生衰老相关的分子变化。通过整合空间转录组学数据,作者发现随着年龄增长,炎症细胞会向海马区区域侵袭,并证实早期神经炎症会抑制神经发生活性。研究数据不仅揭示了神经干细胞及其周边神经发生微环境随年龄变化的终身分子动态,更为理解老年海马区与年龄相关的分子改变提供了重要研究资源。

2025-09-22 13:22:31 336

原创 成功案例|哮喘治疗再添新希望:HK2 蛋白被证实是关键调控因子,2-DG 抑制效果显著

本研究表明,哮喘患者存在多种代谢重编程,包括脂质代谢和糖代谢的重编程。气道上皮细胞中己糖激酶 2(HK2)表达升高,可调控糖酵解、气道炎症及细胞凋亡,进而参与介导哮喘中的气道炎症与气道高反应性(AHR)。机制上,HK2 通过与肽基脯氨酰异构酶 F(PPIF)相互作用,调控上皮细胞凋亡。这些结果支持了 “HK2 或可作为哮喘治疗潜在靶点” 的假说。

2025-09-15 13:32:05 246

原创 成功案例|Stereo-seq+scRNA-seq 联手破局!斑马鱼心脏再生全景图谱发布,公开数据库助力心血管再生研究

本研究整合空间转录组学(Stereo-seq 技术)与单细胞 RNA 测序(scRNA-seq),构建了覆盖八个阶段的斑马鱼再生心脏时空分辨率分子与细胞图谱;明确了负责生成再生心肌的心肌细胞状态级联反应,并探究了 tpm4a 基因在心肌细胞再分化过程中可能发挥的作用。此外,研究发现 ifrd1 和 atp6ap2 基因的激活是再生心脏特有的特征。最后,作者基于scRNA-seq文库和Stereo-seq切片,重构出包含569,896个细胞/位点的4D “虚拟再生心脏”。

2025-09-15 13:30:36 254

原创 告别 “无药可靶”!单细胞+空间转录组双技术揭秘 “冷肿瘤” 关键靶点,联合疗法+天然药物为高侵袭乳腺癌患者带来生机

该研究通过单细胞转录组和空间转录组技术对炎症性乳腺癌(IBC)、非IBC及正常乳腺组织样本进行研究,发现 IBC具有 “冷” 肿瘤微环境特征——表现为CD45 +免疫细胞浸润减少、T 细胞中CXCL13 表达显著下调(与患者不良预后相关)、免疫相关基因表达降低及细胞间相互作用减弱;体外共培养实验证实CXCL13 过表达可促进肿瘤细胞死亡,体内实验显示其能增强抗 PD-1疗法疗效;同时,通过天然产物筛选,确定血根碱和 α- MG为潜在免疫调节剂,为IBC精准治疗提供新靶点与策略。

2025-09-09 13:21:28 168

原创 成功案例|结直肠癌转移研究新突破:类干细胞异质性决定器官偏好,机制细节全披露

该研究结果为理解结直肠癌向卵巢和肝脏转移提供了重要视角,并明确了一种与器官特异性转移相关的结直肠癌细胞亚型。这些结果可能为结直肠癌器官特异性转移研究提供重要理论依据。

2025-09-09 13:17:15 357

原创 成功案例|不用活检也能测肝癌异质性?这种影像技术结合多组学给出答案

本研究基于影像肿瘤内异质性(ITH)开发了一种非侵入性预后分类方法,并验证了其与病理性 ITH 的一致性。整合多组学分析表明,高放射组学 ITH(RITH)肿瘤存在细胞外基质(ECM)重塑模式,从而确定 ECM - 受体相互作用可作为潜在治疗靶点。通过涵盖宏观、介观和微观层面的综合分析,本研究解析了 ITH 的多尺度变化,从分子生物学改变到影像形态学变异。所提出的 ITH 非侵入性预后分类及其病理生理机制有望显著优化肝细胞癌(HCC)的个性化治疗方案。

2025-08-25 15:54:37 346

原创 客户文章|揭秘白花蛇舌草环烯醚萜合成机制:基因表达与代谢调控的深度探索

研究发现白花蛇舌草在约3200万年前经历了一次全基因组复制事件。通过多组学分析,阐明了相关编码基因在环烯醚萜类代谢物生物合成途径中的调控作用,还预测出1个LAMT基因和2个CYP71D55基因是环烯醚萜类潜在后修饰过程中的关键酶。这项研究有助于更深入理解复杂的环烯醚萜类生物合成途径,并提升了白花蛇舌草作为药用植物的经济价值。

2025-08-14 13:11:31 442

原创 成功案例|健康人群也需要益生菌吗?研究揭晓:基线肠道状态差的人,反而受益更大!

本研究发现,益生菌干预对无重大疾病人群的肠道健康有积极作用。基线肠道微生物群健康指数2(GMWI)较低的个体对益生菌干预响应更显著,表现为有益共生菌丰度增加,肠道微生物群功能改善,且A. equolifaciens可促进棕榈酰丝氨醇的产生,该代谢物与GMWI改善及血糖降低有关。单菌株干预验证了上述结果,表明益生菌可作为健康人群维持肠道健康的早期干预策略。

2025-08-14 13:09:26 303

原创 成功案例|便秘不用愁!这款后益生菌 Probio-Eco 凭什么缓解慢性便秘?人体 + 小鼠实验双重验证

研究通过双盲安慰剂交叉试验(110名)和洛哌丁胺诱导的小鼠模型,评估Probio-Eco后益生菌的成分功效;随后结合多组学分析,揭示其通过调节肠道菌群及琥珀酸-短链脂肪酸、色氨酸-5-羟色氨酸-5-羟色胺,以及色氨酸-3-吲哚丙烯酸通路缓解便秘的机制。最终证实了Probio-Eco作为治疗慢性便秘的有效性,为临床应用提供依据。

2025-07-25 16:25:22 353

原创 成功案例|多组学研究破解ARDS死亡密码,8个血清蛋白成为早期预警新指标

本研究通过整合蛋白质组学与代谢组学分析,揭示了鞘脂信号通路在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)发病机制中的关键作用,其中 MAP2K1 蛋白和代谢物 S1P 为该通路的核心调控因子;研究筛选出由 VCAM1、LDHB 等 8 个蛋白组成的生物标志物组合,构建的蛋白质模型在预测 ARDS 患者 28 天死亡风险方面显著优于临床模型,为 ARDS 的早期预后评估和精准治疗提供了新的分子靶点与预测工具。

2025-07-14 14:11:34 411

原创 成功案例|砷毒连环击:伤肝→乱菌群→破肠屏障,家禽健康如何自救?

受损的肝脏会对胆汁酸(BAs)稳态产生负向干预,继而加剧肠道损伤,最终形成恶性循环。肝脏 - 微生物群 - 肠道轴可能成为家禽砷诱导系统性毒性的潜在治疗靶点。通过恢复肠道微生物群平衡(如粪便微生物群移植)来稳定肝肠微环境,可能是预防环境砷中毒的可行方案。

2025-07-07 15:18:20 284

原创 成功案例|整合基因组 - 免疫组学:解析肺癌复发中 “表观遗传 - 细胞互作” 网络的多维图谱

免疫微环境方面,复发组 CD8+ T 细胞耗竭、促炎型巨噬细胞(Macro_SPP1)富集,且 AT2 细胞与免疫细胞互作异常,营造免疫抑制微环境。基于多组学特征构建的风险模型可有效分层 I 期 LUAD 复发风险,并提示 PRAME 靶向治疗、免疫检查点阻断联合 EMT 抑制剂的精准治疗策略。

2025-06-26 15:13:04 558

原创 合作文章|为什么心脏会变老?这篇研究揭开 FNDC4 蛋白如何用 “代谢开关” 守护心脏青春

本研究结果表明,FNDC4 通过恢复 AMPKα/PPARα 依赖性的线粒体功能来预防衰老相关的心脏功能障碍,并且首次将 FNDC4 确定为心脏衰老的一个有吸引力的预测和治疗靶点。

2025-06-23 13:48:17 741

原创 合作文章|从机制到临床:Setdb1 缺失诱导新型 Treg 亚群,为移植患者规避肿瘤风险提供新思路

文章研究发现,H3K9 甲基转移酶 Setdb1 缺失的小鼠可消除移植物相关排斥反应,同时保留完整的抗肿瘤免疫功能。RNA 测序显示,Setdb1 缺失不影响 T 细胞活化或细胞因子生成,但可诱导调节性 T 细胞(Treg)相关基因的表达上调。通过单细胞 RNA 测序发现,Setdb1 缺失可在胸腺中诱导产生一种新的 Treg 细胞群体,该 Treg 细胞亚群表达较低水平的 IL-1R2 和 IL-18R1。

2025-06-16 16:29:49 386

原创 成功案例|从实验室到临床:这种联合疗法为何能让 “无药可治” 的卵巢癌患者重获生机?

研究表明,菊苣酸(Chicoric Acid, CA)与PD-1/PD-L1阻断疗法(aPD-1/aPD-L1)联合使用,可显著改善难治性卵巢癌(HGSC)对免疫治疗的响应。这种联合疗法在患者来源的异种移植(PDX)模型中表现出显著的抗肿瘤效果。CA能够刺激CD45+和CD3+细胞的增殖,并促进CD8+和CD4+T细胞从外周血迁移至肿瘤微环境(TME),从而增强免疫细胞对肿瘤细胞的杀伤能力。此外,CA还能降低CD8+T细胞的耗竭评分,提升其细胞毒性功能。

2025-06-09 13:13:18 280

原创 绿茶竟能抗抑郁?Phytotherapy Research:长期喝绿茶能有效改善抑郁样行为和认知功能,关键是这一机制!

综上所述,喝绿茶可以改善抑郁样表现及改善认知行为。不仅给我们提供了味觉享受,还存在着健康益处,可谓是一举两得。但今后还需要进一步的研究来阐明这些关联的潜在机制以及剂量关系,并确定哪些人群可能从茶和咖啡摄入中获益最多,更有助于大家更好地利用这些饮品来促进健康。

2025-05-30 16:54:13 347

原创 合作文章|心肌肥大 “代谢开关” 被找到!Lgr6 如何用 USP4/PPARα 轴改写心脏命运?

代谢重编程是病理性心肌肥厚发病机制中的关键机制。富含亮氨酸重复序列的 G 蛋白偶联受体 6(Lgr6)已成为心血管疾病中的重要参与者

2025-05-30 15:51:58 458

原创 合作文章|烟叶长期储存品质会劣变?看动态植物化学与代谢物谱变化如何揭秘!

本研究揭示了在自然(NT)、机械(MC)和空调(AC)条件下储存期间,烟叶质量特性及代谢物谱所发生的变化。空调(AC)和机械(MC)条件下的差异积累代谢物(DAMs)数量比自然(NT)条件下的少。储存过程中,自然(NT)、机械(MC)、空调(AC)等不同条件会通过温度、湿度、氧气浓度等因素影响烟叶的代谢组组成和理化性质,例如 pH、多酚、色素、糖碱比等的动态变化,进而决定烟叶的香气、刺激性及燃烧性等品质特征。此外,代谢组学技术虽能全面揭示代谢网络变化,但针对不同储存条件下烟叶代谢轮廓的对比研究仍需深入。

2025-05-27 13:31:49 324

原创 成功案例|肠肝轴成 “战场”,微塑料和邻苯二甲酸酯如何 “攻击” 鸡健康?

微塑料(MPs),尤其是含有增塑剂的微塑料,会显著阻碍鸡的生长并损害肝脏功能,降低鸡的体重增加量和肝脏甘油三酯水平。含有邻苯二甲酸酯(PAEs)的微塑料会通过扰乱脂肪酸代谢和引发免疫炎症反应,进一步加剧这些负面影响。此外,肠道微生物群的改变在介导这些不利影响中起着关键作用。这些研究结果表明,微塑料和邻苯二甲酸酯通过肠肝轴产生协同毒性,凸显了它们对生态和农业的威胁。未来的研究应评估在环境相关浓度下它们所产生的影响。

2025-05-27 13:30:25 1094

原创 合作文章|西瓜甜瓜种质资源团队发现“双开关”模型调控西瓜瓤色形成的分子机制

该研究通过多组学的系统分析揭示“双开关”(双遗传位点)调控西瓜瓤色形成的分子机制。西瓜种质中呈现的四种主要瓤色源于两个调控因子的协同作用:ClLCYB决定类胡萝卜素类型(黄与红),而ClREC2调节番茄红素积累水平(粉红与大红)。本研究结果不仅为西瓜改良过程中果实性状驯化的分子机制提供新见解,更为植物类胡萝卜素生物合成与积累机制研究提供重要理论依据。

2025-05-19 13:25:56 277

原创 成功案例|单细胞与空间转录组学:解锁前列腺癌微环境密码

本研究通过对单细胞和空间转录组学整合分析,揭示Club-like细胞作为前列腺癌肿瘤微环境(TME)的关键上皮亚型,其富集区域表现出雄激素信号耗竭、管腔祖细胞标记上调及衰老相关分泌表型(SASP),并通过高表达中性粒细胞趋化因子(如 CXCL1/2/8)显著促进多形核髓源抑制细胞(PMN-MDSC)浸润,形成免疫抑制微环境。

2025-05-19 13:22:39 739

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