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RSS订阅原创 成功案例|单细胞转录组学助力肥厚性心肌病的研究
肥厚性心肌病(HCM)是一种常见的遗传性心血管疾病，以左心室肥厚为特征，通常由编码肌节蛋白的基因突变引起。目前研究尽管在了解HCM的遗传基础方面取得了重大进展，但对HCM发病机制相关细胞过程的分子基础了解仍不完整。单细胞RNA测序(scRNA-seq)为更深入地了解包括心脏病在内的人类疾病提供了新的机会。
2024-07-22 14:46:01
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原创 因胖得福？Nature：肥胖竟能提高肿瘤免疫疗效，但也会增加患癌风险！从多国自然热点角度切入，发现肥胖是“双刃剑”
肥胖与13种以上癌症的进展和转移相关，在PD-1阻断免疫疗法中具有独特表现，即肥胖悖论。当前研究大多关注肥胖对T细胞表型的影响，却忽略了肿瘤微环境和脂肪组织中巨噬细胞的作用。本研究深入探索肥胖相关癌症中TAM（肿瘤相关巨噬细胞）的作用，将有助于更全面地理解肥胖与癌症之间的关系，为未来的治疗策略提供新的思路。
2024-07-15 14:05:29
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原创 Nature重磅：揭开睡眠不足为什么会损害记忆力
2024年6月12日，密歇根大学安娜堡分校的研究人员在Nature期刊发表了题为：Sleep loss diminishes hippocampal reactivation and replay的研究论文。该研究发现，在睡眠不足时，一个与长期记忆有关的关键大脑信号——海马体的尖波涟漪，会被减弱，这有助于解释为什么睡眠不好会扰乱记忆形成，经过一夜糟糕的睡眠后，即使恢复正常睡眠，也不足以修复这一大脑信号。这项研究可能会带来改善记忆的靶向治疗方法。
2024-06-24 10:38:49
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原创 成功案例（IF=5.7）| mNGS预测小儿重症肺炎患者抗菌素耐药性
抗菌素耐药性（AMR）是对儿童健康的一个主要威胁，由于过度或不适当地使用抗生素，与呼吸道感染相关的抗菌素耐药性发病率的增加已成为一个日益关注的临床问题。因此，准确识别病原体和抗菌素耐药性是靶向抗生素治疗的关键。近年来，宏基因组下一代测序技术（mNGS）已被开发出来，用于直接检测临床样本中的微生物核酸，具有同时检测微生物和耐药基因或突变的能力。在血液感染、中枢神经系统感染、呼吸道感染和其他疾病中检测病原微生物方面，mNGS已被证明比传统培养方法具有更高的敏感性。
2024-06-17 16:37:16
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原创 成功案例（IF=7.3）| mNGS揭示肺移植受者气道分泌物的微生物特征
虽然第一例人类肺移植是在1963年进行的，但直到20世纪80年代中期，在克服了大多数手术和药理学挑战之后，该手术才成为治疗终末期肺部疾病的临床现实。然而，发病率和死亡率仍然很高，肺移植受者的生存率低于其他实体器官移植受者，5年生存率为55.6%。对于肺移植受者来说，感染是一个重要的并发症。它是第一年内最常见的死亡原因，与肺部感染相关的呼吸衰竭是术后入院期间死亡的主要原因。
2024-06-12 10:19:31
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原创 成功案例（IF=12.2）| 肠道代谢组、微生物组和脑功能的综合分析揭示了肠-脑轴在长寿中的作用
人类长寿是一种受遗传、环境等多种因素影响的复杂表型。近年来，肠道微生物群被认为是长寿的一个重要因素，如Akkermansia、Alisipes和Parabacteroides已被报道与长寿有关。此外，最近的一项研究表明，百岁老人的肠道微生物群表现出与年轻人相似的特征，移植长寿人群微生物群的小鼠表现出衰老标志物的减少，这表明改变的肠道微生物群在长寿中起着关键作用。然而，肠道微生物群在健康衰老中的作用机制尚不清楚。肠道微生物群可以通过多种机制影响宿主，其中一种机制涉及代谢物。
2024-06-03 15:48:45
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原创 最新研究发现，摄入鸡蛋、内脏等食物会加速中老年女性衰老
越来越多的研究表明，特定的生活方式，如地中海饮食 、热量限制或其他多模式生活方式 ，能够减缓甚至逆转衰老。然而，关于能够直接加速或者逆转衰老生物过程的具体饮食习惯，目前仍知之甚少。
2024-05-27 16:57:00
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原创 成功案例（IF=7.4）| 代谢组+16s联合分析助力房颤代谢重构的潜在机制研究
心房颤动（AF）是临床上最常见的持续性心律失常，具有显著的发病率和死亡率。高龄是房颤发病率、患病率和进展最显著的危险因素。与年龄在50-59岁之间的参与者相比，80-89岁之间的参与者患房颤的风险增加了9.33倍。目前尚不确定增龄性房颤的衰老是不良预后的决定因素，还是潜在进展性底物的标志物。因此，对增龄性房颤的深入了解仍值得期待。
2024-05-20 15:37:08
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原创 成功案例（IF=7.4）| 脂代谢组学和蛋白质组学分析揭示多囊卵巢综合征的发病机制
多囊卵巢综合征（PCOS）是女性最常见的内分泌和代谢紊乱，也是无排卵性不孕症和高雄激素血症的主要原因。患者的主要临床表现为月经少、不孕、高雄激素血症、肥胖、多毛、痤疮、胰岛素抵抗（IR）和B超下多囊卵巢改变。严重的代谢紊乱可导致PCOS的长期并发症，包括糖尿病、高脂血症、心血管疾病，甚至子宫内膜癌。脂质代谢组学和蛋白质组学是系统生物学中旨在发现疾病中的代谢途径变化和诊断生物标志物的新学科。
2024-05-13 09:40:14
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原创 成功案例（IF=7.3）| 转录组+蛋白质组+代谢组联合分析分析揭示胰腺癌中TAM2相关的糖酵解和丙酮酸代谢重构
胰腺癌（PAAD）是一种预后不良、死亡率高的恶性肿瘤。肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的大量浸润是PAAD的一个显著特征。TAMs可与胰腺癌细胞相互作用，调节代谢、炎症和免疫状态，形成免疫抑制TME，最终促进肿瘤的发生和发展。研究表明，巨噬细胞会影响胰腺癌细胞的生物学功能，如葡萄糖代谢。然而，目前仍缺乏一种结合TAM和代谢相关特征来识别PAAD新分子亚型的方法。代谢亚型为新一代癌症治疗的患者分类提供了一个独特的视角，因此，根据免疫代谢特性开发新的分子亚型对提高精准医疗至关重要。
2024-05-06 14:47:57
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原创 大熊猫“七仔”为什么是棕色的？最新研究揭示：这可能由一个基因突变导致
大熊猫是最具魅力的旗舰物种之一，其毛发特征是其引人注目的黑色和白色（以下简称黑熊猫）。但是在中国陕西省秦岭地区发现的棕色大熊猫推翻了人们的传统认知。自1985年第一只棕色大熊猫被发现以来，新闻已报道了11例记录。雄性棕色熊猫“七仔”是目前唯一一只圈养的棕色熊猫。棕色熊猫的反复出现意味着这种特征可能是可遗传的。
2024-04-28 09:22:33
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原创 减少50%寿命！广东医科大学发现长期摄入反式脂肪酸会加速衰老并缩短寿命
根据世界卫生组织的数据，全球预期寿命已经超过74岁，近几十年来呈持续上升趋势。预期寿命延长导致老年人慢性疾病的发生率升高，特别是与肥胖相关的疾病。肥胖和衰老的结合显著增加了Ⅱ型糖尿病、心血管疾病和某些癌症的发病风险。肥胖和衰老对机体具有相似的表型，表现为线粒体功能受损、细胞内大分子积聚以及组织和身体成分的改变。高热量饮食，尤其是富含饱和脂肪酸和反式脂肪酸的饮食，是导致肥胖的重要原因。然而，TFA（反式脂肪酸）因其便利性、长保质期和增强风味等特点而广泛用于人类食品中。
2024-04-22 10:40:26
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原创 《柳叶刀》子刊：突破性临床试验，证实粪菌移植治疗帕金森病的潜力
帕金森病（Parkinson’s Disease，PD），是一种复杂的神经退行性疾病，也是世界上第二常见的神经退行性疾病，仅次于阿尔茨海默病（AD），影响着约1%-2%的65岁及以上老人。随着全球人口老龄化，帕金森病患病率还将大幅增加。目前，全世界有超过600万人患有帕金森病，每年还有约60000名新患者确诊。患者大脑中产生多巴胺的神经元丧失，影响运动和认知，导致出现震颤、肌肉僵硬、意识模糊和痴呆等症状。
2024-04-15 14:43:25
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原创 成功案例（IF=13.263）| 基因组+重测序+GWAS揭示豇豆传播过程中基因组的变化及荚果相关性状的遗传调控关键位点
豇豆（Vigna unguiculata (L.) Walp.），豆科的一员，是一种一年生的热带或亚热带草本植物，用于人类食物和动物饲料，作为青粪、干草或青贮饲料。有两种主要栽培亚种Vigna unguiculata ssp. sesquipedalis（长豇豆）和Vigna unguiculata ssp. unguiculata（普通豇豆）。前者主要在亚洲种植，以食用鲜嫩豆荚为主，后者主要在非洲种植，以食用籽粒为主。但是，豇豆缺乏高质量的染色体参考参考基因组，此外，长豇豆和普通豇豆之间也缺乏基因组比较。
2024-04-08 09:05:56
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原创 合作文章（IF=12.8）|宏基因组测序助力黑水虻富集活性污泥重金属调控机制的研究
我国每年各类污水活性污泥年产生量超7000万吨，尤其是富含铅（Pb）、砷（As）等相关重金属，暴露于高水平的Pb和As可诱发贫血、皮肤损伤、神经系统疾病和癌症。整体环境风险高，而且处理难度大。黑水牤幼虫（BSFL）能有效地将食物废弃物和污水活性污泥转化为蛋白质饲料和有机肥，为鱼、家禽和植物提供提供优质的营养。但是在黑水牤消化污水活性污泥的过程中，铅（Pb）和砷（As）的积累和转化情况尚不清楚。
2024-04-01 14:51:42
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原创 成功案例|全基因组测序+GWAS联合分析揭示不同种族帕金森病的遗传同质性和异质性
帕金森病（PD）是一种常见的与年龄相关的神经退行性疾病，其特征是运动迟缓、姿势不稳定、僵硬和静息性震颤。临床表现包括非运动症状，如认知功能障碍、自主神经功能障碍、睡眠障碍、抑郁和睡眠功能减退。在中国，到2030年，PD患者的人数预计将达到494万人，占全球病例的一半。帕金森病的确切病因尚不清楚，但遗传因素、环境因素和衰老在帕金森病的发病机制中起着重要作用。
2024-03-25 16:07:48
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原创 合作文章（IF=5.6）|16s+RNA-seq+短链脂肪酸检测揭示丁酸梭菌缓解食粪预防兔肠道炎症的新机制
兔子摄取软性粪便是一种具有营养意义的生理习惯，可提供氨基酸、维生素和其他不能被胃肠道有效吸收的营养物质。除了营养益处外，粪食还能稳定肠道微生物群和功能，这可能具有下游的生理效应，如维持能量稳态、免疫系统发育和认知功能。肠道微生物群和营养之间有广泛的相互作用，影响动物的生长性能和行为。然而，目前还没有科学证据表明食粪行为（Coprophagy prevention, CP）如何通过改变肠道菌群来影响生长性能。
2024-03-18 10:02:29
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原创 Aging Cell：匈牙利学者发现肠道微生物组的变化和衰老密切相关
基于DNA甲基化衰老时钟的开发可以准确用来测量生物年龄，生物年龄在很大程度上受生活方式、环境和遗传等因素的影响，大量证据也表明健康生活方式可以延缓衰老并延长寿命。先前大规模微生物组分析表明，随着年龄的增长，微生物组菌群变得越来越独特。然而，微生物组与表观遗传衰老和身体健康之间的具体联系目前仍然未知。
2024-03-11 15:37:03
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原创 成功案例（IF=13.8）| 基因组de novo联合Hi-C组装萝卜高质量基因组
萝卜（Raphanus sativus L.）是世界范围内重要的根茎蔬菜作物。肉质主根是最重要的可食器官，提供了许多有益的营养物质，包括碳水化合物、矿物质、核黄素、植物化学物质和膳食纤维。然而，尽管萝卜具有生物学独特性和良好的营养价值，但其分子遗传学研究进展较其近缘作物要慢得多，这部分归因于迄今为止基因组组装和注释获得的信息有限。
2024-03-04 16:08:24
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原创 复旦大学最新研究发现，壳聚糖可延缓卵巢衰老
卵巢是哺乳动物的早期衰老器官之一，表现为卵泡数量减少，卵母细胞质量和数量下降。卵巢微环境中与年龄相关的变化与女性生育能力受损有关，巨噬细胞在卵巢组织稳态和免疫监视中起着重要作用。然而，衰老对卵巢巨噬细胞功能和卵巢稳态的影响尚不清楚。2024年1月27日，来自复旦大学妇产科医院的研究团队在Immunity & Ageing杂志发表题为“Chitosan alleviates ovarian aging by enhancing macrophage phagocyte-mediated tissue
2024-02-26 11:32:02
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原创 合作文章（IF=7.4）| 胆汁酸检测+转录组测序助力肝细胞脂肪变性研究
代谢功能障碍相关的脂肪变性肝病（MASLD），以前被称为非酒精性脂肪肝（NAFLD），是代谢性综合征的一个组成部分，影响约20-30%的全球人口和高达70-80%的肥胖人口。目前，中国MASLD的流行率激增至1.73-2.1亿人。乙醛脱氢酶2（ALDH2）是线粒体中的乙醛脱氢酶，主要负责代谢酒精衍生的乙醛和其他内源性醛。最近的研究表明，人类ALDH2基因的rs671 SNP突变与代谢障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的风险增加有关，但其机制尚不清楚。
2024-02-04 09:48:11
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原创 合作文章（IF=13.6）| 神经损伤修复：“多效气体发射器”凝胶的妙用”
周围神经损伤（PNI）包括对周围神经的形态学结构或生理功能的所有损伤。由于周围神经的结构和功能复杂，PNI往往导致预后不良和高致残率。药物递送移植物因其重建周围神经微环境的潜力而备受关注，但调节微环境的适当调控时间和阶段尚不清楚。
2024-01-29 17:21:49
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原创 咖啡+茶更续命！川大华西最新：每天饮用3杯茶，抗衰效果最好！同饮咖啡死亡风险下降22%
茶叶中含有多种生物活性物质，而其中最受关注的莫过于「茶多酚」。先前的研究显示，茶多酚具有抗氧化、抗炎、抑制细胞凋亡以及调节表观遗传变化的作用，进而延缓衰老的发生。同时，动物实验表明，茶叶中富含的黄酮类多酚能够延长蠕虫、果蝇以及小鼠的寿命。那么，多饮茶的人是否能够更长寿呢？
2024-01-22 17:03:04
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原创 NEJM：减少喝酒或戒酒可降低口腔癌和食管癌等癌症风险
之前已有大量研究表明，经常喝酒会增加患某些类型癌症的风险，包括口腔癌、食管癌和喉癌等，还会增加胃癌、结直肠癌、肝癌及乳腺癌风险。世界卫生组织（WHO）也表示，没有所谓的安全饮酒量。《柳叶刀》发表的一项对全球195个国家和地区的酒精使用负担的大型研究显示，对健康危害最小的饮酒量就是完全不饮酒。
2024-01-08 09:54:34
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原创 祝贺首届兽医专业学位研究生创新创业大赛圆满闭幕
为进一步贯彻落实科教兴国、农业强国发展战略，适应兽医行业、产业发展需求，提高兽医专业学位研究生实践创新能力，推动兽医领域高层次应用型人才培养供给侧改革，促进兽医专业学位教育高质量发展，12月28日由中国学位与研究生教育学会主办，南京农业大学承办，全国兽医专业学位研究生教育指导委员会、中国兽医协会提供学术指导的首届“兽医专业学位研究生创新创业大赛”在南京顺利举行。
2024-01-02 15:16:43
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原创 Aging：这种来源于肉豆蔻的化合物可延缓衰老并显著延长寿命
肉豆蔻是豆蔻树的种子，原产于印度尼西亚的马鲁古群岛。肉豆蔻的提取物NecB被鉴定为具有药理活性的化合物，可用于治疗腹痛、腹泻以及口腔黏膜疾病等多种疾病。然后，NecB能否延缓衰老延长寿命目前尚不清楚。
2023-12-25 13:41:56
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原创 研究前沿| scNanoCOOL-seq：单分子测序平台的单细胞多组学测序技术
2023年9月12日，汤富酬课题组在Cell Research上发表了题为“scNanoCOOL-seq: a long-read single-cell sequencing method for multi-omics profiling within individual cells”的论文，首次报道了scNanoCOOL-seq单细胞多组学测序技术。
2023-12-18 16:40:20
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原创 研究前沿| Nat Communi：大豆节间距调控基因RIN1的分子机制解析
株型是决定作物产量的重要性状。以半矮秆利用和提高氮肥利用效率为标志的绿色革命提高了作物抗倒伏能力，使水稻、小麦等作物可以通过密植提高单产，产量大幅提升。但是，大豆绿色革命基因尚未发现，与水稻和小麦产量提升相比，大豆的单产提高缓慢。然而，与水稻和小麦顶端着穗不同，大豆的荚（籽粒）着生于节上，其株高的降低往往伴随节数的减少，导致荚数的减少，因此，实现矮杆耐密的关键是缩短节间长度。
2023-12-12 10:15:17
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原创 Nature Food：这么吃，可延长十年寿命
如今，西式饮食的广泛流行，这种饮食方式以高含量精加工糖和碳水化合物、高含量饱和脂肪酸、高含量动物蛋白以及低含量膳食纤维为特征，把各种食物原料进行精细加工,从中提取人类最喜爱的成分进行富集或添加，并补充食品添加剂来增加食物的色、香、味等外观口感、延长存储时间，从而使人能方便、快速、长久地满足口腹之欲。这种饮食方式显然不利于健康，也阻碍了人类预期寿命的增加。
2023-12-04 15:09:35
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原创 研究前沿|NAR：一个综合性的植物代谢组数据库
PMHub（https://pmhub.org.cn）包含了从不同来源收集的188,837种植物代谢物的化学数据，以及与这些代谢物相对应的1,467 ,041个标准/硅内高分辨率串联质谱仪(HRMS/MS)光谱。除了其广泛的文献衍生数据，PMHub还拥有相当大的实验代谢物集合；它包含10个典型植物物种的144 ,366个检测到的特征，其中16,423个特征成功地通过使用标准/硅内HRMS/MS数据进行注释，该集合进一步补充了从参考代谢物收集的数千个特征。
2023-11-27 16:21:21
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原创 研究前沿| Nature：艰难梭菌引发肠道神经源性炎症的新机制
艰难梭菌感染（Clostridioides difficile infection）是目前发达国家医院和社区内获得性肠道细菌感染腹泻的最主要原因之一。在美国，每年有约50万例病例和导致约29,000例死亡。艰难梭菌（C. difficile）是一种产生孢子的机会性病原体，在正常的肠道菌群被破坏时可以感染人类结肠，引发腹泻和腹痛，严重情况下可导致假膜性结肠炎和毒性巨结肠。
2023-11-20 18:11:17
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原创 研究前沿 | Science：单细胞测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱
大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解，但在灵长类动物中仍然不清楚，这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外，在包括人类在内的灵长类动物中，关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏，尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。
2023-11-13 13:48:40
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原创 医学专题（6）--多组学在肿瘤分型研究中的应用思路
利用多组学高通量测序数据探索肿瘤患者的分子分型、突变图谱特征等，并利用深度学习算法开发肿瘤预测模型，为肿瘤患者的临床实践提供了新的视野和角度。
2023-11-06 18:21:55
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原创 医学专题--多组学在病原微生物感染中的研究思路
埃博拉病毒（Ebola virus）是一种十分罕见的烈性传染病病毒，其引起的埃博拉病毒疾病（Ebola Virus Disease，EVD）的发病机理很复杂，已有的研究表明，EVD 发病特征包括高水平的病毒复制和全身传播，免疫反应失调，广泛的组织损伤和器官功能障碍以及凝血紊乱，但是导致 EVD 严重程度的宿主反应机制尚不明确。该研究从益生菌对肠道菌群的作用角度出发，提供了益生菌增强宿主对病原体感染抵抗力的新机制，同时也证明了B12作为一种调节因子在增强微生物相互作用的方面具有新功能。
2023-10-30 11:42:14
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原创 组学数据上传（六）|GEO数据库数据上传实操
1）注册账号：进入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 网页，找到页面右上角Sign in ，进入页面后，点击页面中的Sign up，根据自己喜好，选择对应的账号进行注册，按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Log in，然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，点击图中Submit按钮进入提交数据页面。上传结束后，可点击Notify GEO，提醒GEO后台人员上传完成，可以进行审核。
2023-10-30 11:39:43
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原创 联合分析专题--解密多组学联合分析在中药方向的研究思路
重建了艾的祖先二倍体基因组，发现艾多倍化后两个亚基因组的进化是无偏的，支持了艾的同源四倍化起源；因植物药占中药的大多数，所以中药也称中草药。中药基因组学的理解，侧重于中药本身，主要包括中药转录组学、结构基因组学、基因组标记解析和功能基因组学等，属于本草基因组学( herbgenom- ics) 的研究范畴，旨在通过对中药原物种遗传信息的揭示，解析重要活性产物的生物合成途径，发掘参与生物合成的功能基因，推动对中药合成生物学、基因组辅助分子鉴定和分子育种及中药道地性遗传机制阐释的深入研究。
2023-10-30 11:36:50
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原创 医学专题--多组学在药物治疗靶点筛选中的研究思路
通过多组学大数据整合分析，可以加速药物研究，可广泛地应用与病人的指导用药等领域。接下来，给大家分享几篇关于多组学技术在药物治疗靶点研究中的应用案例！！
2023-10-09 08:39:17
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原创 干货|10种重要作物基因组数据库
上期给大家介绍了NCBI、Ensembl 这2个主流的查找基因组的数据库，其中收录的物种广泛（植物、动物、微生物），是我们查找物种基因组最常用数据库。对于一些常年深耕某一种/一类物种的研究者，常常会搭建该类物种专属数据库：如水稻数据库、棉花数据库、柑橘数据库等等。本期小易课堂给大家介绍10种重要的作物基因组数据库，供大家研究使用。
2023-09-25 08:48:33
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原创 基因组大小查询（二）|基因组组装结果查询
查询方法如下：选择数据库“taxonomy”，输入物种拉丁名，查看本物种不同分类水平上物种有哪些物种已经有基因组发布，查询到有基因组信息的物种后，复制物种名称，按照最开始讲到的方法（图2-3）进入到基因组的详细描述页面，就可以看到此近源物种基因组信息（包括基因组大小）。对于已经测序发表的基因组，可以直接通过查询相关数据库中提交的基因组信息，对本物种或者近源物种基因组大小进行初步调研。如果需要参考基因组用于相关数据的有参分析，点击物种查询结果中对应种名，进入下载页面进行基因组及gff文件的下载即可。
2023-09-18 13:07:02
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原创 物种基因组大小查询之流式结果查询
已经进行基因组测序的物种就更加稀少：截至目前，只有不到15000个物种的基因组为我们所知，其中大部分还是微生物，已经完成测序的真核生物物种只有2534个，只占已知真核生物总数的不到0.2%（数据来源：Scientific American，2018）。对于已经测序发表的基因组，可以通过相关基因组数据库查询（待下期讲解）。该网站使用简单，输入需要查询物种的任一/几种组合信息（物种分类级别、物种名称（属名、种名、通用名称）、C-value范围、实验检测方法等），点击搜索按钮，即可获取物种C-value信息。
2023-09-11 08:36:06
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