Cell子刊：肠道菌群通过昼夜节律调节身体对压力的反应 压力和昼夜节律系统通过下丘脑-垂体-肾上腺（hypothalamic-pituitary-adrenal， HPA）信号轴相互联系，维持对外界刺激的反应。然而，这些信号是如何被协调的机制仍然未知。在现代社会，我们的昼夜节律越来越多的被不规律睡眠、高压力以及不良饮食习惯所打乱。而一项最新研究显示，肠道微生物群在维持身体自然压力调节过程中发挥重要作用。
细胞图谱篇（IF=14.3）|人类卵巢单细胞图谱揭示巨噬细胞在卵巢衰老中的作用 卵巢老化是一个复杂的过程，炎症性衰老是器官衰老的一个重要特征。在卵巢内，卵巢衰老的一个既定标志是炎症表型的出现，这涉及到促炎细胞因子表达水平的升高、胶原沉积和功能失调的免疫系统。巨噬细胞是炎症免疫反应的核心成分，是卵巢中最丰富的免疫细胞 ，具有多种维持组织稳态的功能。
合作文章|单细胞转录组在褐鳟鱼研究方面取得新进展 褐鳟鱼（鲑鱼）是一种鲑鱼亚种，是世界范围内很受欢迎的鱼类，具有巨大的经济和食用价值。然而，褐鳟鱼对鲑鱼气单胞菌没有抗药性，由于这种细菌在淡水和盐水环境中的广泛存在，导致了渔业的大量损失。本研究阐明了褐鳟鱼如何对沙门氏菌产生相应的抗性，并鉴定了相关的抗性基因。这些结果可以通过比较不同治疗组间的细胞和基因表达差异，提高对沙门氏菌耐药性相关的细胞和分子生物学机制的理解。
IF=20.3|scRNA-Seq&Bulk RNA-Seq＆蛋白质组学助力干燥综合征治疗策略的研究 干燥综合征(Sjögren's disease, SjD)，又称Sjögren病，是一种原因不明的，较为常见的，慢性系统性自身免疫性疾病。其特征是由于外分泌腺的淋巴细胞浸润和继发性腺体功能障碍而导致口腔、眼睛和其他粘膜干燥。
GWAS揭示酸性磷酸酶ACP2在缺磷条件下通过丝氨酸代谢调节水稻光合作用 光合作用被认为是地球上最重要的过程，在自然界中，植物的生产力依赖于光合作用。而无机磷缺乏会显著影响植物的生长、发育和光合效率。目前，有一项连锁图谱研究表明pi效率和光合作用相关性状（如净光合速率和蒸腾速率）之间存在显著的遗传关系。然而，Pi效率和光合作用相关性状都是复杂的数量性状，且都是基因型特异性和环境敏感性的，因此对这两个性状的QTL多效性报道很少。
《Cell》|单细胞+空间转录组绘制人类鳞状细胞癌组成和空间结构图谱 皮肤鳞状细胞癌（cSCC）主要特征是组织极性破坏和基底膜侵袭，是恶性肿瘤的一种。西米普利单抗/Cemiplimab是一款全人源PD-1抗体，用于转移性/局部晚期皮肤鳞状细胞癌的药物。但耐药和生物标志物预测反应的不足，需要更好地表征肿瘤微环境(TME)中的免疫抑制。单细胞转录组学（SC-RNA-Seq）揭示了许多癌症类型的肿瘤内异质性(ITH)，确定了驱动耐药、预测转移风险和介导可塑性的细胞群，但研究往往缺乏识别肿瘤特异性生物学所需的正常组织比较和组织分离过程中空间信息的丢失。
我请问了，你们课题组开组会，都是这个「鬼」样子吗 随着开学季的到来，许多研究生面临着假期摸鱼后的第一次组会汇报「宕机 」的问题。本文旨在提供一份实战指南，帮助学生在汇报时既能展示自己的工作，又能巧妙地应对导师的各种反应。通过专业的话术和精湛的表演，旨在为科研新手（或者生疏者）提供应对策略，同时给出 3 道题用作结业考试，巩固新知。
nature communications |多层次蛋白质组分析揭示弥漫型和肠型胃癌之间的分子多样性 胃癌是世界上主要的癌症类型之一。弥漫型胃癌(DGC)和肠型胃癌(IGC)是胃癌(GC)的主要组织学类型，DGC呈分散的细胞组织，黏附差，细胞分化差，而IGC呈管状或腺状细胞组织，黏附连接紧密，基质成分较少。DGC和IGC不同的病理生理和分子特征提示其不同的致癌机制。尽管已有大量基因组和转录组研究揭示了胃癌的分子特征，但DGC和IGC在分子病理学上的差异仍然不甚清楚，这限制了新生物标志物和药物靶点的发现。
合作文章|基于FFPE样本研究腹水微生物群与HCC继发腹水、PVTT之间的相互作用 肝细胞癌(HCC)是最常见的恶性肿瘤之一，也是全球医疗保健面临的主要挑战。尽管已经取得了重大进展，但仍有改进的空间，特别是在开发系统治疗方面。恶性腹水是晚期HCC的严重并发症，由腹膜转移引起，一直是HCC治疗的重大临床挑战。已有研究报道，门静脉瘤栓(PVTT)形成经常导致腹水、门静脉高压和肿瘤转移。大约10%-40%的HCC患者检测到PVTT，并且是预后不良的标志，因此寻求治疗PVTT和HCC引起的恶性腹水的新策略是很重要的。
影响因子14.7！转录组和微生物组学纯分析! 炎症性肠病(IBD)为累及回肠、直肠、结肠的一种特发性肠道炎症性疾病。临床表现腹泻、腹痛，甚至可有血便。本病包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)。粘膜水平上宿主-微生物相互作用的破坏是IBD病理生理的关键。本研究对收集的肠道活检组织进行了转录组学(RNA-seq)和微生物(16S-rRNA-seq)分析，旨在全面研究IBD患者粘膜基因表达与微生物群之间的互作关系。作者结合了这两个组学数据，并通过将这些数据与广泛的临床特征相结合，对粘膜宿主-微生物相互作用进行了全面的研究。
合作文章（IF=7.7）|非靶+靶向+16S +RNA-Seq探究广东虫草对非酒精性脂肪肝的功效 肥胖症的持续增长已成为一个全球性的公共卫生问题，世界卫生组织(WHO)报告称，全球超过八分之一的人患有肥胖症。目前，全球范围内代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)，以前被称为非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)，随着肥胖的流行而急剧增加，影响了大约25%的世界人口。生活方式干预，如节食和增加体力活动是预防和治疗肥胖和MASLD的主要选择。近年来，功能性食品通过调节肠道菌群、宿主基因表达和代谢活动，改善肥胖及相关并发症的生理和病理反应，引起了越来越多的关注。
IF=12.2|“阴道播种”有益于婴儿健康？ 将剖腹产婴儿暴露于母体阴道微生物群，称为“阴道播种”(VS)，这是一种将阴道微生物群转移给新生儿的方法，而剖腹产是无法获得阴道微生物群的。有研究表明表明，阴道播种允许母体菌群植入剖腹产分娩婴儿的多个身体部位，并改变微生物群的发育轨迹，更接近阴道分娩的婴儿。目前尚不清楚阴道播种对微生物群的恢复是否会降低剖腹产相关代谢和炎症疾病的风险。因此，本研究在小鼠模型中通过代谢组学和16S rRNA测序评估了人类婴儿阴道播种对肥胖和肠道微生物的影响。
合作文章（IF=14.3）|RNA-Seq和ChIP-Seq助力SOX12调节肝癌细胞的机制研究以及肝癌联合治疗的免疫策略的发现 肝细胞癌(HCC)是全球严重的健康负担。长期以来，HCC的治疗选择很少，但免疫检查点阻断(ICB)近年来取得了重大突破。在肿瘤免疫微环境(TIME)中，免疫细胞通过配对的免疫检查点或其他信号与肿瘤细胞相互作用，形成异质的免疫抑制生态系统，促进肿瘤的进展和转移。迄今为止，ICB的低应答率和免疫毒性严重阻碍了其在HCC患者中的应用，强调了解HCC细胞与免疫细胞相互作用的必要性。
合作文章（IF=5.9）|16s和非靶代谢组分析揭示亚麻籽木脂素对PAM过量诱导的肝毒性的保护作用 扑热息痛（PAM）是世界上最常用的镇痛解热的药物之一。在肝酶细胞色素P450 Cyp2E1和Cyp1A2PAM酶的作用下，PAM转化为一种高活性的代谢物乙酰对位苯醌亚胺(NAPQI)，通过与谷胱甘肽(GSH)偶联可解毒为无毒的谷胱甘肽-NAPQI。然而，PAM过量使用时，过量的（NAPQI）消耗GSH储存，不可逆地与肝细胞蛋白结合，并通过产生活性氧(ROS)引起氧化损伤，导致肝细胞凋亡和坏死。关于亚麻籽木脂素在多大程度上减轻PAM引起的肝损伤，以及它与肠道菌群和代谢物的变化之间的关系，文献报道较少。
Nature Medicine：检测一滴血中的蛋白质，预测50多种疾病未来十年的发病风险 分析结果显示，对于其中67种病理各异的疾病，包含这5-20种蛋白质的稀疏模型的预测性能优于使用基本临床信息开发的模型，包括基于血细胞计数、胆固醇、肾功能和糖尿病检测（糖化血红蛋白）的预测模型。临床上推荐的预测疾病发病风险的工具被广泛用于心脏病发作和卒中，但很少用于其他疾病。在过去几十年里，单一血浆蛋白已被确定为少数疾病的特异性诊断方法，包括用于心力衰竭诊断的B型利钠肽（BNP），用于急性冠脉综合征诊断的肌钙蛋白，以及用于创伤性脑损伤的泛素C末端水解酶L1（UCH-L1）和胶质纤维酸性蛋白（GFAP）。
成功案例|单细胞转录组学助力肥厚性心肌病的研究 肥厚性心肌病(HCM)是一种常见的遗传性心血管疾病，以左心室肥厚为特征，通常由编码肌节蛋白的基因突变引起。目前研究尽管在了解HCM的遗传基础方面取得了重大进展，但对HCM发病机制相关细胞过程的分子基础了解仍不完整。单细胞RNA测序(scRNA-seq)为更深入地了解包括心脏病在内的人类疾病提供了新的机会。
因胖得福？Nature：肥胖竟能提高肿瘤免疫疗效，但也会增加患癌风险！从多国自然热点角度切入，发现肥胖是“双刃剑” 肥胖与13种以上癌症的进展和转移相关，在PD-1阻断免疫疗法中具有独特表现，即肥胖悖论。当前研究大多关注肥胖对T细胞表型的影响，却忽略了肿瘤微环境和脂肪组织中巨噬细胞的作用。本研究深入探索肥胖相关癌症中TAM（肿瘤相关巨噬细胞）的作用，将有助于更全面地理解肥胖与癌症之间的关系，为未来的治疗策略提供新的思路。
Nature重磅：揭开睡眠不足为什么会损害记忆力 2024年6月12日，密歇根大学安娜堡分校的研究人员在Nature期刊发表了题为：Sleep loss diminishes hippocampal reactivation and replay的研究论文。该研究发现，在睡眠不足时，一个与长期记忆有关的关键大脑信号——海马体的尖波涟漪，会被减弱，这有助于解释为什么睡眠不好会扰乱记忆形成，经过一夜糟糕的睡眠后，即使恢复正常睡眠，也不足以修复这一大脑信号。这项研究可能会带来改善记忆的靶向治疗方法。
成功案例（IF=5.7）| mNGS预测小儿重症肺炎患者抗菌素耐药性 抗菌素耐药性（AMR）是对儿童健康的一个主要威胁，由于过度或不适当地使用抗生素，与呼吸道感染相关的抗菌素耐药性发病率的增加已成为一个日益关注的临床问题。因此，准确识别病原体和抗菌素耐药性是靶向抗生素治疗的关键。近年来，宏基因组下一代测序技术（mNGS）已被开发出来，用于直接检测临床样本中的微生物核酸，具有同时检测微生物和耐药基因或突变的能力。在血液感染、中枢神经系统感染、呼吸道感染和其他疾病中检测病原微生物方面，mNGS已被证明比传统培养方法具有更高的敏感性。
成功案例（IF=7.3）| mNGS揭示肺移植受者气道分泌物的微生物特征 虽然第一例人类肺移植是在1963年进行的，但直到20世纪80年代中期，在克服了大多数手术和药理学挑战之后，该手术才成为治疗终末期肺部疾病的临床现实。然而，发病率和死亡率仍然很高，肺移植受者的生存率低于其他实体器官移植受者，5年生存率为55.6%。对于肺移植受者来说，感染是一个重要的并发症。它是第一年内最常见的死亡原因，与肺部感染相关的呼吸衰竭是术后入院期间死亡的主要原因。
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