seurat提取表达矩阵_如何改造Seurat包的DoHeatmap函数？

刘小泽写于19.12.4

分析过单细胞数据的小伙伴应该都使用过Seurat包，其中有个函数叫DoHeatmap，具体操作可以看：

单细胞转录组学习笔记-17-用Seurat包分析文章数据

前言

走完Seurat流程，会得到分群结果FindClusters()，并找到marker基因FindAllMarkers()，然后想要对每群的前10个marker基因进行热图可视化

rm(list = ls())

options(warn=-1)

options(stringsAsFactors = F)

install.packages('Seurat')

library(Seurat)

library(stringr)

library(dplyr)

load('sce_out_for_heatmap_all.Rdata')

top10 % group_by(cluster) %>% top_n(10, avg_logFC)

DoHeatmap(sce,top10$gene,size=3)

plot_zoom_png

但是这个图在后期调整时会遇到很多障碍，因此最好用pheatmap重新画一下

如何用Pheatmap画这个结果？

其实，画一个热图最重要的是表达矩阵和分组信息

第1步：得到表达矩阵

那么现在有了sce对象，从中提取表达矩阵也不难

# 提取原始表达矩阵

cts

> cts[1