Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件,DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征(包括蛋白-蛋白相互作用)、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具(包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接)、基于小分子的药物设计工具(包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET)和组合库的设计与分析等。
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3D-QSAR 方法更能间接反映配体小分子和蛋白大分子之间的非键相互作用特征,具有丰富的物理化学内涵。上期教程中我们采用能量格点作为描述符构建了3D-QSAR模型,该模型具有活性预测能力。这里利刃君就为大家带来基于3D-QSAR进行化合物活性预测的教程。
活性预测
①导入需预测活性的分子
我们依然以软件使用规程中的样例进行活性预测。
在文件浏览器中,点击Samples>Tutorials>QSAR>testset.sd,导入需进行活性预测的小分子,这里一共包含了8个小分子。
- 这些小分子已事先与先前的训练集分子进行了叠合。