python画circos图_从零开始学Circos绘制圈图（一）

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。

circos绘制基因组

当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这种图。接下来我将会写一些列教程(可能有视频)，通过教别人学Circos的方式来自学Circos。

环境配置

建议在Linux环境下配置Circos，之后只要用conda就能配置好分析环境

# 安装

## circos

conda create -c bioconda -n circos circos

测试软件安装结果

# 测试circos

conda activate circos

# 确认安装

circos -V

# 显示如下

# circos | v 0.69-8 | 15 Jun 2019 | Perl 5.026002

处理过程

Circos依赖于一些列的配置文件，用来定义复杂图形的各个部分，最终加工成图形。

因此，用Circos画图是一个不断增添内容的过程，你要不断根据输出结果来调整输入参数。

并且整个分析中，你还要拥有过关的数据预处理的能力，这是因为Circos不是数据处理工具，它只是展示你已有的数据。