直系同源基因ks_通过宏基因组学和元转录组学研究嗜热堆肥中的微生物群落结构和动力学...

摘要

堆肥是新生物和热稳定酶的一种有前途的来源，可能对环境管理和工业过程有帮助。在这里，作者介绍了基于宏基因组和超转录组学的圣保罗动物园大型堆肥操作的分析结果，这种堆肥表现出持续的嗜热特性(50°C至75°C)。作者研究的创新之处在于将时间序列采样与鸟枪DNA，16S rRNA基因扩增子以及元转录组高通量测序相结合，详细的了解该生态系统中的微生物群落结构、动力学和功能。时间序列数据显示，转变过程对堆肥微生物群有很大影响，在一定程度上恢复了过程开始时的种群状况，木质纤维素生物质的解构协同并相继发生，其中半纤维素优先降解为纤维素和木质素。并对在生物质降解环境中发现的五个细菌物种和一个新的生物降解细菌物种进行近乎完整的基因组重建。

编译：颜程良

英文标题：

Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics

中文标题：

通过宏基因组学和元转录组学研究嗜热堆肥中的微生物群落结构和动力学

期刊：

Scientific Reports, 2016 

作者：

Luciana Principa Antunes

作者单位：

Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.

一

引言

典型的好氧堆肥是一种自加热过程，其中微生物的新陈代谢使温度升高到50°C以上，接着是60-80°C的持续高温，然后逐渐冷却堆肥。有机物的生物分解是由具有不同生理要求和耐受性的嗜温和嗜热微生物协同进行的，这与整个堆肥过程中不断变化的环境一致。堆肥中经常发现的细菌菌群，包括Proteobacteria，Fimicutes，Bacteroidetes和Actinobacteria，它们的丰富程度取决于起始物料和堆肥程序。通常，堆肥中未检测到真菌高于65°C，这表明它们在堆肥的高温阶段的降解活性比细菌低。因此，目前的理解是细菌是嗜热堆肥过程中的主要降解物，而真菌在冷却和固化阶段发挥作用。

堆肥被广泛认为是新型嗜热细菌和新型热稳定酶的一种有前途的来源，特别是与生物质降解有关的酶，在工业应用中具有许多优势。在这方面，宏基因组学和元转录组学是扩展已知堆肥过程中已知生物降解性微生物及其活性功能代谢潜能的有效方法。

二

结果与讨论

2.1堆肥时间序列采样和高通量测序

作者对在巴西圣保罗圣保罗动物园公园的堆肥设施收集的时间序列样本使用鸟枪法测序、16S rRNA基因扩增子以及转录组高通量测序，目的是揭示嗜热堆肥过程中的活性代谢途径。从堆肥单元ZC4(第1、3、7、15、30、64、67、78和99天)收集了9个时间序列样本，从堆肥单元ZC3(第1、30、64、78和99天)收集了5个时间序列样本。ZC4和ZC3细胞收集点之间温度变化的幅度在几天内达到约20°C，表明半静态堆肥过程的异质性，反映了压实和通气的差异堆以及活跃的微生物种群。

2.2堆肥过程中微生物群落组成和多样性的变化

无论堆肥时间多长，收集的所有堆肥样品均以细菌种类为主。在所有样品中，细菌结构域代表了分类reads的近100％，至少占所有reads的84％。通过鸟枪法测序以及16S rRNA基因扩增子测序对门菌体水平的细菌群落结构进行分析，得出两个主要结果：1)鸟枪法测序和16S扩增子的结果大体上彼此一致；2)最丰富的门和目与先前的研究中发现的一致。

在堆肥过程中，四个最丰富的门是硬毛菌，变形杆菌，拟杆菌和放线菌。在所有样本中，这四个门至少占所有分类reads的85％。在目级别上，样本内的多样性要大得多，并且样本之间也存在显着差异(图1)。另一方面，距离分析显示，同一细胞的时间序列样本中，较丰富的组之间存在显着差异，表明堆肥过程具有高度动态性。根据16S数据，操作分类单位(OTU)的数量和系统发生多样性指数随时间的变化表明(图2)，在样品D01和样品D64和D67中发现了最高的多样性。这些结果表明在我们分析的堆肥过程中存在两个阶段：第一个阶段是从开始(D01)到D30，第二个阶段是从D64到结束(D99)。

图1. ZC4样品中细菌在目级别的相对丰度

图2. ZC4系统发育多样性变异

2.3基于鸟枪法测序数据的堆肥中的细菌种类丰度

在物种水平上，使用MyTaxa34程序在shot弹枪DNA读取上提供的分类，在ZC4中鉴定出的最丰富的生物是海洋红嗜热盐菌(占2.5％)，高温双孢菌属(占2.1％)，嗜热共生小杆菌(占1.5％)，嗜热球杆菌(1.1％)和嗜热单孢菌(0.7％)，为每个物种重建了基因组，并获得了86％至100％之间的标记基因相似性值。

2.4由16S数据指导的新型细菌属的部分基因组恢复

对一些被确定为“unassigned Firmicutes”的reads，应用了特殊的组装策略，并成功地恢复了估计的OTU537822506接近完整(92％)的基因组；组装后的基因组的平均读取覆盖率为51.2倍。基于113个直系同源基因的系统发育分析(图3)表明OTU537822506是芽孢杆菌科的新属。

图3.基于113个直系同源基因核苷酸序列的最大似然系统树

2.5基于宏基因组和转录组数据的代谢潜能

为了获得整个堆肥过程中基因功能的整体情况，使用COG(直系同源群)对来自ZC4和ZC3组装鸟枪reads的编码序列(CDSs)进行了分类。基于此COG分类的ZC4样本分层聚类分为三组：D01，D03和D64(组1)，D07，D15和D30(组2)以及D78和D99(组3)(图4a)，并对这三个组及其COG类差异丰度水平进行了解释(图4b)。

第1组代表堆肥过程的开始，并以能量生产/转化(COG C类)，运输/辅酶代谢(H)，碳水化合物转运/代谢(G)和氨基酸转运/代谢(E)。这些类别包括与微生物代谢有关的功能，这些功能专门用于在仍然富含这些化合物的环境中降解和利用易于降解的有机营养素；代表过程中间的第2组的特征是复制/重组/修复(L)，碳水化合物转运/代谢(G)和氨基酸代谢(E)类别。在这一阶段，已经出现了强烈的解聚活性以及可溶碳化合物的快速利用。当大多数易降解的营养物质被消耗掉之后，能够降解聚合碳的微生物就占了上风。第3组代表堆肥过程的结束，富含与氨基酸代谢(E)，能量产生/转化(C)，无机离子迁移/代谢(P)，碳水化合物迁移/代谢(G)和专用于信息、存储和信令过程的类别(J，K，L和M)。

图4.基于COG类别的元转录组的功能概况。

2.6预测参与木质纤维素降解的基因的转录谱

作者调查了关键木质纤维素降解酶的存在和丰度变化，这些变化由ZC4元转录组数据集的COG分类给出。检测到半纤维素酶、纤维素酶、果胶酶和木质素酶，并且它们各自相对丰度水平随时间的变化表明半纤维素、纤维素、果胶和木质素在整个过程中都被降解，而转变会导致降解过程的暂时减慢(图5)。这些结果表明，木质纤维素生物质的分解协同发生并顺序发生，半纤维素优先降解为纤维素和木质素。

图5.在ZC4堆肥过程中参与木质纤维素降解的CDS分析

2.7与木质纤维素生物质降解有关的CDS的分类分配

作者根据宏转录组数据重新审视哪些微生物主要负责木质纤维素生物质降解的问题。图6显示了最丰富的门。除D99外，在堆肥过程中，来自芽孢杆菌，梭菌，放线菌和嗜热厌氧菌的成员有许多，大多数与植物生物量降解有关的CDS被归类为这些成员。放线菌通常在堆肥中发现，特别是在嗜热和成熟阶段以及从堆肥中富集的嗜热微生物菌群。已知梭状芽胞杆菌和芽孢杆菌的成员具有编码参与纤维素和半纤维素降解的酶的基因，并且被认为是泥炭沼泽森林中主要的植物生物量降解微生物。

图6. ZC4转录组的分类学概况

三

总结

作者从微生物分子的角度对嗜热堆肥工艺进行了详细研究。借助时间序列采样和高通量测序，能够观察到构成堆肥过程的微生物群的变化及其酶活性的变化。图7描述的结果以及其他有关堆肥微生物群的研究，帮助作者提出一个主要负责木质纤维素生物质降解的细菌微生物和代谢功能的核心群。当前已经鉴定并获得了在生物量降解中起作用并且可能代表新属的生物体的近乎完整的基因组。这可能只是冰山一角，堆肥系统的其他微生物分子研究对环境管理和生物燃料生产有着一定的促进作用。

图7.高温堆肥操作的分子概述

参考文献

1. Ryckeboer, J.et al. A survey of bacteria and fungi occurring during composting andself-heating processes. Annals of Microbiology 53, 349–410 (2003).

2. Kumar, S.Composting of municipal solid waste. Crit Rev Biotechnol 31, 112–136 (2011).

3. Alfreider, A.,Peters, S., Tebbe, C. C., Rangger, A. & Insam, H. Microbial communitydynamics during composting of organic matter

as determined by16S ribosomal DNA analysis. Compost Sci Util 10, 303–312 (2002).

4. Partanen, P .,Hultman, J., Paulin, L., Auvinen, P . & Romantschuk, M. Bacterial diversityat different stages of the composting process.

BMC Microbiology10 (2010).

原文链接

https://www.nature.com/articles/srep38915/

  

中国科学院生态环境研究中心

环境生物技术重点实验室

邓晔 研究员课题组发布

作者：颜程良

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