r语言做绘制精美pcoa图_如何绘制精美的PCoA图形？

虽然一般的16S或者宏基因组等分析流程当中都会包含PCoA分析，但如果自己想要更改分组的形状，或者挑选特定的OTU进行分析，那么自己进行操作会高效很多。

PCoA的作图主要分为三个步骤：

选择特定的相似性距离并计算距离矩阵。距离的选择可以有Bray-curits、Unifrac等，不同的距离有不同的作用和意义(具体可以参考 微生物β多样性常用计算方法比较)。相似性距离可以利用R的GUniFrac和vegan等包计算，也可以利用QIIME计算。

进行PCoA分析，也就是利用表征分析选择最能表示样本距离的坐标轴。这个可以利用R的ape包的pcoa()命令完成。

PCoA图形展示。图形可以用ordiplot()命令展示，但如果需要比较美观的图形，建议用ggplot来画。

选择特定的相似性距离并计算距离矩阵。距离的选择可以有Bray-curits、Unifrac等，不同的距离有不同的作用和意义(具体可以参考 微生物β多样性常用计算方法比较)。相似性距离可以利用R的GUniFrac和vegan等包计算，也可以利用QIIME计算。

进行PCoA分析，也就是利用表征分析选择最能表示样本距离的坐标轴。这个可以利用R的ape包的pcoa()命令完成。

PCoA图形展示。图形可以用ordiplot()命令展示，但如果需要比较美观的图形，建议用ggplot来画。

下面我们以R为基础，展示如何根据Unweighted Unifrac距离来画PCoA图：

----------------------代码开始了-----------------------

###导入需要的R包

library(GUniFrac) #用于计算Unifrac距离

library(ape) # 用于pcoa分析</