引物设计软件primer_一文搞懂引物设计

引物设计原则

作为一个科研狗，日常实验中经常会遇到引物设计，毫无疑问，一对好的引物对实验结果很重要。在设计引物前，我们首先了解一下引物设计的原则，总结为以下7点：

1. 要设计引物首先要找到DNA 序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。

2. 引物长度一般在15～30碱基之间，因为过长会导致其延伸温度大于 74℃，不适于 TaqDNA 聚合酶进行反应。同时，G＋C 含量在40％～60％之间，过高或过低都不利于引发反应，而且两条引物之间GC含量不能相差过大。

3. 为了避免引物形成二级结构以及引物之间形成二聚体，引物自身不能有连续4个碱基的互补。引物之间不能有连续4个碱基的互补。

4. 引物 3’端的末位碱基对 Taq 酶的 DNA 合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A 的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。