3款简单实用的在线PCR引物设计软件

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已于 2022-06-11 16:52:51 修改

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分类专栏：分子生物学文章标签： c++ 开发语言

于 2022-06-11 16:48:22 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125234963

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本文介绍了3款在线PCR引物设计软件：NCBI的Primer-Blast，Primer3 Plus和PrimerBank。Primer-Blast整合了Primer3和Blast，能设计针对特定剪接变异体基因的引物。Primer3 Plus适合qPCR引物设计，提供多种参数调整。PrimerBank是哈佛大学的qPCR引物数据库，包含大量验证过的引物。

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文章目录

1. NCBI 的 Primer-Blast
2. Primer3 Plus
3. PrimerBank

1. NCBI 的 Primer-Blast

这个工具整合了目前流行的 Primer3 软件，且加上 NCBI 的 Blast 进行引物特异性的验证；可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。
网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 或者直接从 Blast 主页（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/）上找到。
Primer-Blast 的界面包括 4 个部分：
◆ PCR Template（模板区）
◆ Primer Parameters（引物参数区）
◆ Exon/intron Selection（外显子内含子设置）
◆ Specificity check（特异性验证区）

设计引物，输入目的模板，Accession number / Gi number / FASTA 格式。
验证引物
外显子内含子：如果设计的引物是跨内含子和外显子的交界处，可在此处设置成为 Primer must span an exon-exon junction。外显子的匹配碱基数和内含子的长度等设置一般选择默认。
特异性（Specificitycheck）选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。（重要&#x