pom.xml文件第一行报错_R制作GSEA分析用gct和cls文件

R制作GSEA分析用gct和cls文件

具体操作点击这个

GSEA富集分析 - 界面操作

我们需要输入文件,手动准备很麻烦：

1. 样品表达量文件    .gct

2. 样品表型分类文件 .cls

先看看这两文件长什么样

1. 样品表达量文件    .gct

.gct为后缀。

文件第一行以“#1.2”开头；

文件第二行的第一列为基因个数、第二列为样品个数；

文件的第三行为表达谱的矩阵的title信息，

第一列为基因symbol/探针号，

第二列为基因／探针的描述信息，

第三列以后为样品id。

接下来的行对应每个基因／探针在每个样品中的表达信息。

文件以/t作为分隔符

2. 样品表型分类文件 .cls

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# 【正式开始制作】

准备表达数据，去掉正常样本

rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)#加载load('总normalizeExp.Rdata')#赋值中间变量,【去掉正常样本！！！】exp

看一眼exp文件： 

行是基因名(mRNA+ncRNA)，列是374个肿瘤样本