pom.xml文件第一行报错_R制作GSEA分析用gct和cls文件

最新推荐文章于 2023-04-24 17:14:29 发布

weixin_39800062

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文章标签： pom.xml文件第一行报错 pom文件第一行报错 xml文件第一行报错

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本文介绍了如何使用R语言制作GSEA分析所需的.gct和.cls文件，详细阐述了从数据预处理到文件格式的具体步骤，包括.gct文件的基因表达信息和.cls文件的样本分类。在制作过程中遇到的cls文件格式错误问题也进行了探讨和解决。

摘要由CSDN通过智能技术生成

R制作GSEA分析用gct和cls文件

具体操作点击这个

我们需要输入文件,手动准备很麻烦：

1. 样品表达量文件 .gct

2. 样品表型分类文件 .cls

先看看这两文件长什么样

1. 样品表达量文件 .gct

.gct为后缀。

文件第一行以“#1.2”开头；

文件第二行的第一列为基因个数、第二列为样品个数；

文件的第三行为表达谱的矩阵的title信息，

第一列为基因symbol/探针号，

第二列为基因／探针的描述信息，

第三列以后为样品id。

接下来的行对应每个基因／探针在每个样品中的表达信息。

文件以/t作为分隔符

2. 样品表型分类文件 .cls

---------------------------------------------------------------

# 【正式开始制作】

准备表达数据，去掉正常样本

rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)#加载load('总normalizeExp.Rdata')#赋值中间变量,【去掉正常样本！！！】exp

看一眼exp文件：

行是基因名(mRNA+ncRNA)，列是374个肿瘤样本

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