数据格式_GSEA数据分析需要的数据格式文件

信息来源：

Data formats - GeneSetEnrichmentAnalysisWiki

本文以GSEA分析所需要的文件格式为例进行讲解

1.表达式数据格式（.gct、.res、.pcl、.txt）；

2.表型数据格式（.cls）；

3.基因集数据库格式（.gmx、.gmt、.grp、.xml（这个貌似可以利用MSigDB数据库））；

4.微列阵芯片注释格式（.chip）；

5.基因的排名列表（.rank）

格式类型

1．表达式数据格式

1.1
GCT

如果要同时用于GenePattern和GSEA分析的话，需要将不同平台的表达式数据格式统一为.gct格式。一般是从纯文本文件（.txt、.csv）开始进行目标格式的转换，将其以excel打开，然后根据要求对格式的内容进行更改后再保存为gct格式的文件。gct文件格式只允许一行标识符。注：GenePattern里面有直接进行格式转换的模块。