rda冗余分析步骤_高分期刊中频频登场的VPA分析到底是啥？附干货

自然环境是复杂且多样的，生物从来不是孤立存在的，它与所在的环境间有着千丝万缕的联系。

在微生物群落研究中，我们不仅要分析群落内部的变化情况，更应该将群落放到整个生态环境中，分析环境与群落间的响应/互作机理。

例如，土壤微生物群落丰度可能受到土壤pH、氮、磷含量、温湿度等因素的综合影响；动物肠道微生物群落可能受到宿主肠道环境pH、食物类型、宿主肠道分泌物质等因素的影响而产生变化。微生物群落与环境间的关联/互作分析能够让我们站在更高的层次解释群落结构产生变化的机理。

CCA/RDA环境因子分析存在的缺陷

群落分析中常见的环境因子分析包括CCA典范对应分析(canonical correspondence analysis)和RDA冗余分析 (Redundancy analysis)。

这两种类型分析都是基于降维的思想，将样本、物种、环境因子的信息映射到一个二维平面上，从而判断三者间的关系，可用于发现对群落结构有影响的环境因子，是目前文章中最常见环境因子分析。

然而，这两种分析都存在着一个共同盲区，即无法直观、量化地展示某个环境因子对于群落整体变化的影响情况。这两种环境因子分析的本质实际上是用几组解释变量(即环境因子数据)来共同解释一组响应变量的变化(即微生物数据)，当我们需要某个解释变量所能够解释的方差变异程度信息(即某个环境因子对于群落结构变化的贡献度)时，就可以采用一种新的分析方法-