在线作图丨高级的微生物分析——在线做Variance Partitioning Analysis（VPA分析）

今天小编给大家分享点厉害的干货~

Question 1：什么是VPA？

群落分析中常见的环境因子分析包括CCA典范对应分析（canonical correspondence analysis）和RDA冗余分析 (Redundancy analysis)，这两种类型分析都是基于降维的思想，将样本、物种、环境因子的信息映射到一个二维平面上，从而判断三者间的关系，可用于发现对群落结构有影响的环境因子。这两种分析的缺点是无法直观、量化地展示某个环境因子对于群落整体变化的影响情况。当我们需要某个环境因子对于群落结构变化的贡献度时，就可以采用一种新的分析方法——方差分解分析(Variance partitioning analysis，VPA)。
VPA分析的目的是确定指定的环境因子对群落结构变化的解释比例。该分析量化两组或多组(2~4 组)环境因子 变量对响应变量(如菌群变化)的单独解释度与共同解释度。在进行VPA时，首先就要对这些环境因子进行一个分类，然后在约束其它类环境因子的情况下，对某一类环境因子进行排序分析，这种分析也成为偏分析，即partial CCA/RDA。在对每一类环境因子均进行偏分析之后，即可计算出每一个环境因子单独以及不同环境因子相互作用分别对生物群落变化的贡献。

Question 2：VPA的应用有哪些？

作为高分论文中的常客，VPA对每个环境因子的贡献度进行说明。如图所示，研究中国农田生态系统中各类型环境因子集合（土壤环境因子、气候环境因子、地理因素等）对于农田土壤古菌多样性数据的方差变异贡献度，结果直观展示了不同种植系统的微生物受到环境因子的影响程度以及各环境因子的贡献程度。在VPA获得的结论基础上，配合群落功能分析、多样性分析等手段，可深入讨论环境因素变化对群落功能的影响继而引发植株产量高低变化的机理。
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