r roc曲线 语言_【R语言】0基础如何用R语言绘制ROC曲线

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首先按照惯例给大家看一下我们的原始数据长什么样子：

然后就可以加载包导入数据了

rm(list=ls())
library(openxlsx)
library(pROC)
library(ggplot2)

lxrdata<-read.xlsx("ROC.xlsx", sheet =1)

然后就可以读取数据并绘制了

lxrroc1 <- plot.roc(lxrdata$gold_standard, lxrdata$Atest)

best<-coords(lxrroc1, "best", ret ="all", transpose =F)

plot.roc(lxrroc1,col="#FF6665", identity.col ="grey", legacy.axes=T)

legend("bottomright",
       c(paste('AUC=',round(lxrroc1$auc,3),sep = ""),
         paste("cutoff value=",round(best$threshold, 3),sep = ""),
         paste('Spensitivity=',round(best$sensitivity,3),sep = ""),
         paste('Specificity=',round(best$specificity,3),sep = "")),
)

col后面是曲线的颜色

identity.col可以修改参考线的颜色

round用于取整，如果不想要可以不用

最终结果如下图

如果需要将2种及以上ROC曲线集成到一张图里面，可以这么操作

首先分别计算每一条ROC曲线的相关数据：

rm(list=ls())
library(openxlsx)
library(pROC)
library(ggplot2)

lxrdata<-read.xlsx("ROC.xlsx", sheet =1)

lxrroc1 <- plot.roc(lxrdata$gold_standard, lxrdata$Atest)
lxrroc2 <- plot.roc(lxrdata$gold_standard, lxrdata$Btest)
lxrroc3 <- plot.roc(lxrdata$gold_standard, lxrdata$ABtest)

然后先绘制第一条，再把每一条曲线添加上去

plot.roc(lxrroc1,col="#FF6665", identity.col ="grey", legacy.axes=T)
plot.roc(lxrroc2,col="#356567",  legacy.axes=T,add = T)
plot.roc(lxrroc3,col="#659BCD",  legacy.axes=T,add = T)

legend("bottomright",
      c("Atest","Btest","ABtest"),
       col = c("#FF6665","#356567","#659BCD"),
       lwd = 2)

其中add 表示添加的曲线，

注意图例里面三种颜色是和绘图的三种颜色一一对应的

最终结果如下图

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