图神经网络代码_一文读懂图神经网络

本文深入介绍了图神经网络(GNNs),包括其基本原理、通用图网络框架(GN framework)和更新过程。文章强调了GNNs在处理图结构数据的优势,并探讨了为何在多个领域广泛应用。此外,文章提供了基于DGL库的GCN和GAT算法的代码示例,总结了图神经网络框架的优缺点,并推荐了相关资源。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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作者:哈工大SCIR博士生 郑博

一、图神经网络介绍

什么是图神经网络

图神经网络(Graph Neural Networks, GNNs)是基于图结构的深度学习方法,近期被广泛应用到各类图像、自然语言处理等任务上。图神经网络作为神经网络扩展,可以处理以图结构表示的数据格式。在图中,每个节点都由本身的特性以及其相邻的节点和关系所定义,网络通过递归地聚合和转换相邻节点的表示向量来计算节点的表示向量。

在论文《Relational inductive biases, deep learning, and graph networks》中,作者定义了通用图网络框架graph networks (GN) framework,概括和扩展了各种图神经网络,并且支持使用简单的模块来构建复杂的结构。GN framework的主要计算单元是GN block,一个图到图的模块,它的输入是一个图,在图结构上进行计算,然后得到同样是图结构的输出。

在GN framework下,一个图可以被定义为一个三元组dfd86a3d00a15a1afadd3da625daa43f.pngc25e06164447cae740debc833bdf9316.png是图的一个全局表示,f7dbdbcd7ea18fb78fc79a5ad29db597.png代表图中100aed53497fbd26f0dfef5f0b96a12e.png个节点的集合,1b84c2f6f9e46bf43b217580d48a6314.png为节点i的表示,a577e39a299564ee7563f5277bdfede6.png表示图中d98e6a6100523dba1ecc16a55354a4d3.png条边的集合,f8827aa534fbe36b8c71194b150216f4.png为边的表示,19671a211a12631f7af6714e69805931.png02989034d3fc9b3ddcfd57e917bdd2cc.png分别代表边的接收节点和发送节点。 

每一个GN block包含三个更新函数6bf704364337123be3000f90f95a34e2.png,以及三个聚合函数b3bc90b0975886cd6787ba4ec8b356ba.png

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上式中c5b534824d45a7477d4e990f400f4333.pngfc793d87954b0e94d712ffe078b6bb8d.png27152f677f2e6d6a71011bd7efbbb8ec.png

其中6acfa5524f0f4b3b4bfc352e0177e9da.png应用于图中每条边的更新,4284ca0c9362f579972755e6e996ea87.png应用于图中每个节点的更新,19487dcaa636664f9b5db2647d7a5259.png则用来更新图的全局表示;b3bc90b0975886cd6787ba4ec8b356ba.png函数将输入的表示集合整合为一个表示,该函数设计为可以接收任意大小的集合输入,通常可以为加和、平均值或者最大值等不限输入个数的操作。

当一个GN block得到一个图85b9ac1a84afeaa824587fbd0d84b154.png的输入时,计算通常从边到节点,再到全局进行。下图给出了一个GN block的更新过程。

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图1 一个GN block的更新过程

一个GN block的计算可以被描述为如下几步:

1. 6acfa5524f0f4b3b4bfc352e0177e9da.png更新每一条边,输入参数为边表示f8827aa534fbe36b8c71194b150216f4.png,接收和发送节点的表示

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# GPF ## 一、GPF(Graph Processing Flow):利用神经网络处理问题的一般化流程 1、节点预表示:利用NE框架,直接获得全每个节点的Embedding; 2、正负样本采样:(1)单节点样本;(2)节点对样本; 3、抽取封闭子:可做类化处理,建立一种通用数据结构; 4、子特征融合:预表示、节点特征、全局特征、边特征; 5、网络配置:可以是输入、输出的网络;也可以是输入,分类/聚类结果输出的网络; 6、训练和测试; ## 二、主要文件: 1、graph.py:读入数据; 2、embeddings.py:预表示学习; 3、sample.py:采样; 4、subgraphs.py/s2vGraph.py:抽取子; 5、batchgraph.py:子特征融合; 6、classifier.py:网络配置; 7、parameters.py/until.py:参数配置/帮助文件; ## 三、使用 1、在parameters.py中配置相关参数(可默认); 2、在example/文件夹中运行相应的案例文件--包括链接预测、节点状态预测; 以链接预测为例: ### 1、导入配置参数 ```from parameters import parser, cmd_embed, cmd_opt``` ### 2、参数转换 ``` args = parser.parse_args() args.cuda = not args.noCuda and torch.cuda.is_available() torch.manual_seed(args.seed) if args.cuda: torch.cuda.manual_seed(args.seed) if args.hop != 'auto': args.hop = int(args.hop) if args.maxNodesPerHop is not None: args.maxNodesPerHop = int(args.maxNodesPerHop) ``` ### 3、读取数据 ``` g = graph.Graph() g.read_edgelist(filename=args.dataName, weighted=args.weighted, directed=args.directed) g.read_node_status(filename=args.labelName) ``` ### 4、获取全节点的Embedding ``` embed_args = cmd_embed.parse_args() embeddings = embeddings.learn_embeddings(g, embed_args) node_information = embeddings #print node_information ``` ### 5、正负节点采样 ``` train, train_status, test, test_status = sample.sample_single(g, args.testRatio, max_train_num=args.maxTrainNum) ``` ### 6、抽取节点对的封闭子 ``` net = until.nxG_to_mat(g) #print net train_graphs, test_graphs, max_n_label = subgraphs.singleSubgraphs(net, train, train_status, test, test_status, args.hop, args.maxNodesPerHop, node_information) print('# train: %d, # test: %d' % (len(train_graphs), len(test_graphs))) ``` ### 7、加载网络模型,并在classifier中配置相关参数 ``` cmd_args = cmd_opt.parse_args() cmd_args.feat_dim = max_n_label + 1 cmd_args.attr_dim = node_information.shape[1] cmd_args.latent_dim = [int(x) for x in cmd_args.latent_dim.split('-')] if len(cmd_args.latent_dim) == 1: cmd_args.latent_dim = cmd_args.latent_dim[0] model = classifier.Classifier(cmd_args) optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=args.learningRate) ``` ### 8、训练和测试 ``` train_idxes = list(range(len(train_graphs))) best_loss = None for epoch in range(args.num_epochs): random.shuffle(train_idxes) model.train() avg_loss = loop_dataset(train_graphs, model, train_idxes, cmd_args.batch_size, optimizer=optimizer) print('\033[92maverage training of epoch %d: loss %.5f acc %.5f auc %.5f\033[0m' % (epoch, avg_loss[0], avg_loss[1], avg_loss[2])) model.eval() test_loss = loop_dataset(test_graphs, model, list(range(len(test_graphs))), cmd_args.batch_size) print('\033[93maverage test of epoch %d: loss %.5f acc %.5f auc %.5f\033[0m' % (epoch, test_loss[0], test_loss[1], test_loss[2])) ``` ### 9、运行结果 ``` average test of epoch 0: loss 0.62392 acc 0.71462 auc 0.72314 loss: 0.51711 acc: 0.80000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 10.09batch/s] average training of epoch 1: loss 0.54414 acc 0.76895 auc 0.77751 loss: 0.37699 acc: 0.79167: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 34.07batch/s] average test of epoch 1: loss 0.51981 acc 0.78538 auc 0.79709 loss: 0.43700 acc: 0.84000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.64batch/s] average training of epoch 2: loss 0.49896 acc 0.79184 auc 0.82246 loss: 0.63594 acc: 0.66667: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 2: loss 0.48979 acc 0.79481 auc 0.83416 loss: 0.57502 acc: 0.76000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.70batch/s] average training of epoch 3: loss 0.50005 acc 0.77447 auc 0.79622 loss: 0.38903 acc: 0.75000: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 34.03batch/s] average test of epoch 3: loss 0.41463 acc 0.81132 auc 0.86523 loss: 0.54336 acc: 0.76000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.57batch/s] average training of epoch 4: loss 0.44815 acc 0.81711 auc 0.84530 loss: 0.44784 acc: 0.70833: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 4: loss 0.48319 acc 0.81368 auc 0.84454 loss: 0.36999 acc: 0.88000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 10.17batch/s] average training of epoch 5: loss 0.39647 acc 0.84184 auc 0.89236 loss: 0.15548 acc: 0.95833: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 5: loss 0.30881 acc 0.89623 auc 0.95132 ```
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