abaqus生成adams柔性体_“分子对接技术”之使用AutoDock进行柔性对接教程

作者  / 利刃君 公众号 /  叮当学术 发布计算机辅助药物设计相关知识，分享分子模拟软件教程及各类科研干货。轻松科研，简单生活~ 知乎 / 叮当学术

---

前面的文章里利刃君为大家分享了使用AutoDock进行半柔性对接的教程,大家有需要可以进行查看,今天利刃君为大家带来使用AutoDock进行柔性对接的教程,本部分教程很多内容与半柔性对接相同,所以不再详细说明。

本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体,晶体结构由蛋白数据库PDB网站(http://www.rcsb.org/)下载,以其原配体OOJ为分子对接的配体,进行柔性对接(蛋白质的部分氨基酸设为柔性,对接的配体为柔性)。

柔性对接教程

1.预处理 ①确定需要设定柔性的氨基酸(主要是在结合口袋附近的氨基酸,用很多软件都可以确定),利刃君这里以pymol为例查看与原配体发生相互作用的氨基酸。 首先用pymol打开6pl1.pdb文件,依次点击窗口右侧的A>preset>ligand sites>cartoon,