autodock无map文件_“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

Autodock是一款开源的分子模拟软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护,官方网址是http://autodock.scripps.edu/,目前最新的版本是AutoDock 4.2.6,包括AutoDock和AutoGrid两个模块,AutoDock软件包下载地址为

http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/,包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代码。


AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序,最新版本为MGLTools1.5.6,下载地址为http://mgltools.scripps.edu/downloads。

这里利刃君为大家带来Windows的软件安装程序,可关注微信公众号:ziyuanliren666,对话框回复关键词”035“即可获取。其他版本大家可以复制上面的链接进行下载。


半柔性对接教程

本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体,晶体结构由蛋白数据库PDB网站下载,以其原配体OOJ为分子对接的配体,进行半柔性对接(对接受体蛋白设为刚性,对接配体小分子设为柔性)。

①可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等软件,将蛋白晶体结构中的配体抽离出来,保存为Lig.mol2文件用于分子对接;

②可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等软件将晶体结构6PL1中的水分子和原配体删除,保存为protein.pdb文件作为分子对接的受体。

下图中为处理好的蛋白晶体结构与配体结构。

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1.设置工作目录及工作环境

首先我们需要新建一个文件夹,设置该文件夹为我们的工作目录,此后所有分子对接产生的文件均默认保存在该文件夹中,方便我们进行查看。注:该文件夹所有路径均要求为英文,不能出现中文和特殊字符。

利刃君这里在E盘新建文件夹“6PL1”,随后将下载好的“autogrid4,autodock4”程序以及“6pl1.pdb,Lig.mol2”两个文件拷贝到此文件夹下。

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运行AutoDock Tool程序,选择File>Preferences>Set…>在Startup Directory下面的空里填入工作目录即刚才新建的文件夹路径“E:/6PL1”>Make Default此后所有输入/输出文件的默认路径都是6PL1,即完成工作目录的设置。

2.准备用于对接的受体

①导入蛋白:点击File>Read Molecule,选择6PL1文件夹中的“6pl1.pdb”,点击打开&

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