autodock无map文件_“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

Autodock是一款开源的分子模拟软件，最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，目前最新的版本是AutoDock 4.2.6，包括AutoDock和AutoGrid两个模块，AutoDock软件包下载地址为

http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/，包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代码。

AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1.5.6，下载地址为http://mgltools.scripps.edu/downloads。

这里利刃君为大家带来Windows的软件安装程序，可关注微信公众号：ziyuanliren666，对话框回复关键词”035“即可获取。其他版本大家可以复制上面的链接进行下载。

---

半柔性对接教程

本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体，晶体结构由蛋白数据库PDB网站下载，以其原配体OOJ为分子对接的配体，进行半柔性对接（对接受体蛋白设为刚性，对接配体小分子设为柔性）。

①可以使用pymol,VMD,Schrodinger，DS等软件，将蛋白晶体结构中的配体抽离出来，保存为Lig.mol2文件用于分子对接；

②可以使用pymol,VMD,Schrodinger，DS等软件将晶体结构6PL1中的水分子和原配体删除，保存为protein.pdb文件作为分子对接的受体。

下图中为处理好的蛋白晶体结构与配体结构。

1.设置工作目录及工作环境

首先我们需要新建一个文件夹，设置该文件夹为我们的工作目录，此后所有分子对接产生的文件均默认保存在该文件夹中，方便我们进行查看。注：该文件夹所有路径均要求为英文，不能出现中文和特殊字符。

利刃君这里在E盘新建文件夹“6PL1”，随后将下载好的“autogrid4，autodock4”程序以及“6pl1.pdb，Lig.mol2”两个文件拷贝到此文件夹下。

运行AutoDock Tool程序，选择File>Preferences>Set…>在Startup Directory下面的空里填入工作目录即刚才新建的文件夹路径“E：/6PL1”>Make Default此后所有输入/输出文件的默认路径都是6PL1，即完成工作目录的设置。

2.准备用于对接的受体

①导入蛋白：点击File>Read Molecule，选择6PL1文件夹中的“6pl1.pdb”，点击