nextpolish安装_nanopore 分析流程

本文转载自知乎 nanopor技术专栏，修改了其中部分代码。

单分子纳米孔测序

使用的软件

使用HDFView 查看Fast5文件格式。

https://www.hdfgroup.org/downloads/hdfview/

使用ont_fast5_api软件对fast5文件进行拆分与合并

ont_fast5_api 网址

安装

直接使用pip安装

pip install ont-fast5-api

自行编译安装

git clone https://github.com/nanoporetech/ont_fast5_api

cd ont_fast5_api

python3 setup.py install

使用案例

多条合并为一个文件

single_to_multi_fast5 -i fast5_files/ -s multi -n 4000 --recursive

一个文件拆分为多条

multi_to_single_fast5 -i multi/ -s single --recursive -t 6

1.碱基识别工具

DeepNano

poretools 官网

poretools安装

2.序列比对工具

GraphMap

MarginAlign

3.从头组装工具

nanocorrect，首先利用graph- based，greedy partial order aligner方法进行纠错，然后利用Celera Assembler将纠错后的reads进行组装，最后利用nanopolish对组装结果进行进一步提升

4、单核苷酸变异检测工具

PoreSeq 低通量下，仍然有高准确率

Nanopolish

MarginAlign中的marginCaller模块

5、共有序列的测序(consensus sequencing)方法

实战

1.软件安装

基因组可视化 win+unix tablet

软件给出官方地址，简单的自行安装。比较复杂的会写出详细安装过程

2. 质控

mkdir nanoQC

#检测测序质量

nanoQC ../2.rawdata/minion/all..fastq.gz -o nanoQC

#统计质量信息

NanoStat --fastq ../2.rawdata/minion/all.sra.fastq.gz --outdir statreports

2.1 质控

NanoPlot --fastq ../2.rawdata/minion/all..fastq.gz -t 16 --maxlength 40000 --plots hex dot pauvre kde -o nanoplot

Nanoplot --summary sequencing_summary.txt --loglength -o summary

选项参数：

-t：线程数目

-o, --outdir：输出结果目录

-p, --prefix：输出结果前缀

--color：点的颜色

--N50 表示在序列读长的直方图中显示N50的标识

--title：标题

--downsample ：在输入文件中随机抽取n条序列进行处理

--minlength：忽略nbp以下的reads

-- fastq：输入fastq格式文件

-f：图片类型

--plots：绘图类型，kde,hex,dot,pauvre

2.2 过滤(nanofilt和filtlong二选一即可)

使用nanofilt过滤，nanofilt无法识别压缩文件，需要先解压。

gunzip -c ../2.rawdata/minion/all.fastq.gz | NanoFilt -q 7 -l 1000 --headcrop 50 --tailcrop 50| gzip > clean.NanoFilt.fastq.gz

选项参数：

-l ,--length :过滤掉小于此长度的序列

--maxlength ：过滤掉超过此长度的序列

-q , --quality ：过滤掉低质量序列

--minGC：过滤掉