nanopore组装软件wtdbg2原理及使用

nanopore组装软件wtdbg2原理及使用

wtdbg2优点是速度非常快，安装使用都非常简单。

原理

首先要注意，wtdbg2不同于megahit等二代组装软件DBG的原理，wtdbg2得到的图称为fuzzy-Bruijn graph (FBG), 作者在文中提到：

A ‘base’ in FBG is a 256 bp bin(each small box ) and a ‘K-mer’ or K-bin in FBG consists of K consecutive bins on reads.

也就是说：DBG中的 a base在wtdbg2中是一个256bp的bin， DBG中的K-mer在wtdbg2中是指reads上连续的至少四个bin。

wtdbg2原理步骤：

1. 把所有的reads都加载进内存，数Kmer的个数。

2. 把reads分成以256bp为一个单元的bin(图中每个box),一个Kmer至少有4x256bp。也就是说reads分布都低于4x256 bp的nanopore或者pacbio数据咱们只能换个软件了！！

3. different K-bins may be represented by a single vertex if they are aligned together based on all-versus-all read alignment. （不知道怎么翻译会更准确࿰