admixture软件_群体遗传结构构建软件--Plink, admixture, phylip, MEGA总结

开始正文之前先了解一下为什么构建群体遗传结构是重要的，并且可以通过哪些方式构建此结构：

对于方法1，我们需要使用Plink构建PCA图

(1) 首先使用plink将vcf格式文件转换成.bed , .bim , .fam文件, 操作如下：

plink --allow-extra-chr -vcf XXX.vcf --make-bed --out filtered_XXX && echo "vcf2bed is done"

(2) 使用plink进行主成分分析，操作如下&#x