我正在使用Bioinformatics Toolbox(版本3.7)中的
CLUSTERGRAM对象.
MATLAB版本R2011a.
我想得到clustergram的行和列的排列向量,就像我可以用dendrogram函数做的那样:
x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
9 10 6 7 8 1 2 4 5 3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc'))
permcols =
6 7 8 9 2 1 3 4 5 10
我发现群集和树形图中的聚类不一样,很可能是由于最优的叶子排序计算(我不想禁用它).
例如,对于来自的clustergram:
clustergram(x)
(‘average’和’eucledian’是clustergram的默认方法)
向量(如附图所示)应为:
permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8];
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3];
那么,如何以编程方式获取这些向量?有人熟悉这个对象吗?
有人能建议一个好的选择吗?我知道我可以创建一个结合imagesc和树形图函数的类似图形,但是在树形图中叶子排序比在树形图中更好(最优).