pv原语模拟实现_谈谈分子模拟中的能量最小化，弛豫和平衡态

目前分子模拟在很多领域得到了广泛地应用。这主要得益于分子模拟理论的逐渐成熟和模拟工具的开发及完善。Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) 是目前材料领域应用广泛的分子模拟工具包；而Gromacs则是生物体系模拟的一把利器。多数分子动力学模拟都属于平衡态模拟，因此只有对平衡后结构做分析才能得到合理的结果。[1] 平衡态分子模拟的一般运行流程是能量最小化，弛豫、平衡模拟及采样。下面我们将详细介绍这三个流程。

1 能量最小化

分子模拟的初始构型往往偏离平衡态较远。如果初始结构中有些原子靠的比较近，这样系统的能量就会过高而使得模拟崩溃。另外如果原子靠的很近，相互作用力就是非常大，可能会导致原子在一个时间步内移出盒子边界从而出现原子丢失的现象。一般分子动力学软件包都提供了能量最小化(minimize)工具，能够在一定程度上优化结构以减少原子间的坏的接触。除了能量最小化工具，LAMMPS还提供了一些独特的手段处理比较差的初始构形：

① pair_style soft :使用一个余弦对势将重叠的原子排开，这个势能确保原子重叠时，体系的能量不会爆炸。进行一段时间的模拟后，可能会得到比较合理的构型，从而可以用正常的力场参数继续进行模拟。

② fix nve/limit 0.1 : 限制一个原子在一个时间步内的最大位移，从而避免原子丢失。

当然能量最小化工具只能在一定程度上缓解(alleviate)坏的构型带来的影响。为了顺利地模拟，在搭建构型时就应注意避开原子靠近的情况。周期性带来的原子重叠问题往往容易被忽略，因此需格外小心。

2 弛豫

弛豫(relaxation)指的是将非平衡的系统慢慢演变为平衡态。[2] 模拟刚开始时，系统的温度，压力等性质可能偏