分子动力学模拟的原理及基本流程

分子动力学（MD）的一般指南：

（1）选择分子动力学软件：
选择适合您研究需要的分子动力学软件包。常用的软件包括 GROMACS、AMBER、NAMD、CHARMM 和 LAMMPS。

（2）准备分子结构：
获取相关分子的原子坐标和拓扑文件。具体方法如下：使用分子建模工具（如 Avogadro、PyMOL 或 VMD）从头开始创建分子结构。从公共数据库（如蛋白质数据库、PubChem）或以前的模拟中检索分子结构。如果没有现成的配体或小分子，则构建配体或小分子。

（3）虚拟体系的搭建
模拟体系是被高度简化的，一般包括水、无机离子、蛋白质、（小分子）。

虚拟体系搭建的原则主要有三点：
一、希望模拟体系始终保持在水溶液中
不包含试管壁等其他因素
二、使用周期性边界条件（PBC）能够使体系尽可能地小
中心盒子中心粒子在运动时，该粒子的镜像在镜像盒子中以完全相同的方式运动。
当粒子跨过中心盒子的周期性边界，进入镜像盒子，它会被视作从反方向进入中心盒子。
水分子能够始终包围蛋白质。
三、周期性盒子可以有不同的形状
立方体最稳妥
截顶八面体可以明显节省计算量

虚拟体系搭建的具体流程如下：
1、定义系统：
结合目标分子、溶剂、离子和其他相关分子的分子结构，创建完整的系统。根据需要添加或移除离子，确保体系呈电中性。

2、溶解体系：
用近似周围环境行为的溶剂模型（如水、有机溶剂或脂质双分子层）包围分子成分。
选择合适的溶剂模型，并确保溶质分子周围有足够的缓冲溶液。

3、添加离子：
如果您的系统需要离子来保持电荷中性或模拟特定的离子条件（如盐浓度），则应添加离子并将其适当置于溶剂中。

4、能量最小化：
执行初始能量最小化以放松系统并消除原子间的不利接触和碰撞。这通常使用最小化算法（如最陡下降算法或共轭梯度算法）完成。

（4）虚拟环境条件
虽然分子动力学模拟可以直接限定粒子数目、固定体积和维持能量来进行恒容恒能量系综的模拟，但实验条件一般都是在室温或者体温以及标准大气压下进行。因此在实现分子动力学模拟时还需要考虑温度和压强的耦合。

常用的温度耦合方法
·Berendsen弱耦合方法、Andersen恒温器法、Nos-Hoover方法和Velocity-rescaling方法
常用的压强耦合方法
·Berendsen弱耦合方法，Parrinello-Rahman方法和Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein(MTTK)方法

温度和压强耦合方法的两种用途
·体系预平衡
把模拟体系的温度和压强调整到期望值附近，并且去除体系中的不合理的局部结构
·正式采样
收集数据，用于计算体系的各种宏观和微观性质
希望产生的结构能够符合等温等压系统

推荐使用的温度和压强耦合方法

	温度耦合算法	压强耦合算法
预平衡	V-rescale或Berendsen	Berendsen
正式采样	V-rescale或Nose-Hoover	Parrinello-Rahman或Berendsen

（5）分子动力学模拟-模拟原子间的相互作用

具体流程如下：

1、平衡系统：
进行平衡运行，为生产 MD 模拟准备系统。这包括将系统加热至所需温度。
根据需要进行压力控制（如 NPT 或 NVT 组合）。
运行短时间 MD 模拟，让系统适应所需的条件。
2、MD 模拟：
在所需的集合（NPT 或 NVT）和条件（温度、压力和时间步长）下启动MD 模拟。
在模拟过程中监控并记录轨迹数据，以便进行后续分析。
3、分析和后处理：
分析 MD 轨迹数据以提取相关信息，如结构变化、热力学性质和分子相互作用。
使用分子可视化工具（如 VMD、PyMOL）和数据分析软件对模拟结果进行可视化和解释。

理论知识
1、模拟原子之间的相互作用需要用到分子力场，分子力场U包括两大部分：成键相互作用和非键相互作用


不要用口碑很差的力场
一些较为常用和较新的力场
注意:蛋白质力场，小分子力场，和显式水分子模型的搭配

系列	推荐版本	小分子	水分子
AMBER	99sb-ILDN,14sb	GAFF, GAFF2	TIP3P
	19sb		OPC
CHARMM	36m	CGenFF	TIP3P
OPLS	3e	3e	SPC
GROMOS	53a6,54a7, 54a8	2016H66	SPC

小分子力场的生成

软件名称	力场名称	网址
Antechamber	GAFF	ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/index.htm
Acpype	GAFF	github.com/alanwilter/acpype
ATB	GROMOS	atb.uq.edu.au/index.py
CGenFF	CGenFF	cgenff.umaryland.edu
LigParGen	OPLS	zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/index.html
PolyParGen	OPLS	polypargen.com
SwissParam	MMFF	www.swissparam.ch

2、分子动力学工作流程