lammps模拟“lost atoms”原子原因及解决方法

lammps模拟过程中，最怕的是模拟过程中出错，其中，比较常见的一个错误是“lost atoms”，也就是常说的原子丢失。

正常情况下，分子动力学模拟要保证原子数目保持不变。

nve、nvt、npt系综中的“n”就是原子数目，这些系综已经明确了模拟过程中要保证原子数目“n”不变，原子数目减少则会中止模拟，并给出“lost atoms”错误提示。

“lost atoms”错误出现的最主要的原因是某些原子在积分过程中求解得到的速度过大，根据该速度计算出的下一步位移过大，已经超出了体系盒子的范围，换句话说，速度过快的原子已经跑出了盒子，造成“lost atoms”。

导致原子速度过快的原因有以下几个方面：

（1）模型设置不合理

一般出现在多原子建模中，比如一层石墨烯原子插入到Al原子之间，由于建模时石墨烯C原子位置设置不合理，导致与Al原子重叠。

在进行积分时，位置重叠或者距离过近的原子之间的排斥力过大，因此原子获得的速度过大，容易飞出box。

解决方法&