r语言聚类分析_利用R语言进行层次聚类分析以及绘制树状图

本文介绍了如何利用R语言进行层次聚类分析并绘制树状图。内容涵盖了计算距离、进行层次聚类及使用ggdendro包美化树状图的过程,旨在展示在数据分析中树形图的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

    树形图(dendrogram)是表示树的图。 这种图解表示经常多种场合中被使用:

  1. 在层次聚类中,它说明了由相应分析产生的聚类的排列;

  2. 在计算生物学中,它显示了基因或样本的聚类,有时在热图的边缘

  3. 在系统发育学中,它显示了各种生物类群之间的进化关系。 在这种情况下,树状图也称为系统发育树。

    其实最简单的理解就是树形图是通过计算距离(计算距离的方式)来表示两个对象之间关系远近的图解。

进行计算

#以内置的数据集为例data(iris)

处理的对象必须是数字类型(numeric或者integer)

#利用apply结合as.numeric转化为可使用的数字类型iris[,c('Sepal.Length', 'Sepal.Width', 'Petal.Length', 'Petal.Width')] 'Sepal.Length', 'Sepal.Width', 'Petal.Length', 'Petal.Width')],2,as.numeric)

计算距离

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