差异表达基因变化倍数_2020年筛个基因也还能发SCI?

本文介绍了通过GEO数据库进行差异表达基因分析,研究内生软骨瘤的分子机制。通过DEGs筛选、GO分析、KEGG富集和PPI网络构建,揭示了EC的潜在生物学过程、关键基因及通路,为临床诊断和治疗提供依据。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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今天要和大家分享的是2020年3月发表在Dose Response(IF=2.438)杂志上的文章“Identification of Key Genes and Pathways for Enchondromas by Bioinformatics Analysis”,作者利用GEO数据库中的原始数据,鉴定了内生软骨瘤(enchondromas,EC)中的差异表达基因(DEGs),然后通过GO分析和KEGG富集分析寻找到相关生物学特征,最后通过PPI网络构建确定了核心调控基因和模块,为进一步探索EC的诊断、预后和药物靶点提供理论依据。

Identification of Key Genes and Pathways for Enchondromas by Bioinformatics Analysis
利用生物信息学分析鉴定内生软骨瘤的关键基因和途径
一、研究背景

        软骨瘤起源于透明软骨,出现在髓腔内时称为内生软骨瘤(enchondromas,EC)。内生软骨瘤在男性中更为常见,其发病高峰在20至30岁。这种癌症可以发生在活动脊柱的任何区域。EC的确切病因未知。因此,了解与EC病理过程相关的分子机制对于制定更有效的诊断和治疗策略至关重要。高通量基因表达分析平台特别是GEO数据库在医学肿瘤学中应用越来越广,作者利用GEO数据库中的原始数据进行生物信息学分析,发现了mRNA在EC发生、发展中的表达变化。

二、分析流程

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三、结果解读(数据挖掘经典套路)
1. 筛选差异表达基因(DEGs)<
miRNA(微小RNA)过表达引起的差异表达基因可以通过生物信息学的方法进行分析。通常这一过程包括miRNA的过表达实验,随后使用高通量测序技术(如RNA测序)来检测基因表达水平的变化。数据分析通常会涉及到以下几个步骤: 1. 数据获取:首先需要从高通量测序实验中获得miRNA和mRNA的表达数据。 2. 数据预处理:包括原始数据的清洗、质量控制、序列比对和表达量的定量。 3. 差异表达分析:使用统计方法对过表达miRNA处理组和对照组之间的基因表达水平进行比较,找出显著差异表达基因。 4. miRNA目标预测:利用生物信息学工具预测miRNA可能调控的靶基因。 5. 集成分析:将差异表达基因与预测的miRNA靶基因进行对比,识别出可能被miRNA直接调控的差异表达基因。 以下是一个简化的代码示例,用于差异表达基因的筛选(使用Python语言和pandas库进行操作): ```python import pandas as pd # 假设df_exp是一个包含基因表达数据的DataFrame,其中包含miRNA过表达组和对照组的数据 # 以下代码仅做演示,实际数据分析会更加复杂 # 计算对照组和miRNA过表达组之间的表达差异倍数(Fold Change) df_exp['log2_fold_change'] = df_exp['miRNA组'] / df_exp['对照组'] df_exp['log2_fold_change'] = df_exp['log2_fold_change'].apply(lambda x: log2(x) if x > 0 else -log2(-x)) # 计算p值以评估差异表达的显著性 # 这里仅做演示,实际中需要使用统计方法如t-test等 df_exp['p_value'] = 0.05 # 假设所有基因的p值都是显著的 # 设置显著性阈值,通常为FC>2, p-value<0.05 significant_threshold = 2 p_value_threshold = 0.05 # 筛选出差异表达基因 df_differential = df_exp[(df_exp['log2_fold_change'] > significant_threshold) | (df_exp['log2_fold_change'] < -significant_threshold) & (df_exp['p_value'] < p_value_threshold)] # 输出差异表达基因的列表 print(df_differential) ``` 请注意,这个代码仅用于展示基本的数据操作逻辑,并不能直接用于真实的数据分析。实际操作中需要专业的生物信息学工具和方法,以及对实验设计和数据分析的深入了解。
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