python单位转换编程_如何使用python编程将一组DNA序列转换为蛋白...

本文介绍了一个使用Python编程将DNA序列转换为氨基酸序列,并查找特定子序列(如enterokinase和proline motif)的程序。通过读取CSV文件中的DNA序列,利用遗传密码进行转换,并计算含有特定子序列的序列数量。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我正在使用python创建一个程序,该程序将一组DNA序列转换为氨基酸(蛋白质)序列.然后,我需要找到一个特定的子序列,并计算存在该特定子序列的序列数.这是我到目前为止的代码:

#Open cDNA_sequences file and read in line by line

with open('cDNA_sequences.csv', 'r') as results:

for line in results:

columns = line.rstrip("

").split(",") #remove end of line characters and split commas to produce a list

ensemblID = columns[0] #ensemblID is first element in our list

dna_seq = columns[1] #dna_seq is second element in our list

genetic code = {

"UUU":"F", "UUC":"F", "UUA":"L", "UUG":"L",

"UCU":"S", "UCC":"s", "UCA":"S", "UCG":"S",

"UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"STOP", "UAG":"STOP",

"UGU&#

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