文件怎么进行注释_【生信小课堂】利用snpEff注释vcf并提取不同注释成分的子vcf...

一般我们在进行群体重测序分析的时候，会对vcf文件进行注释，并提取出不同的注释成分，看看他们的核酸多态性（θpi），Tajima’s D之类的参数进行计算，看看在编码区跟非编码区这些参数有什么区别。

本文测试文件请自行下载snpEff，里面的example就可以进行测试

本次小课堂内容就是教会大家最简单的处理方法：首先我们需要准备的内容有几个，第一个是注释软件snpEff

https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip/download​sourceforge.net

第二个是参考基因组跟注释文件，模式物种的可以直接下载，自己测的基因组的，就需要自己构建数据库了，构建数据库的方法也非常简单

首先，在下载完的snpEff文件夹里面建立一个文件夹，我愿称之为data（好吧，他只能叫data）

linux的就是mkdir data

接着，在data文件夹里面创建两个文件夹，一个名字叫genomes，里面放着基因组，然后再创建一个文件夹，文件夹命名为参考基因组名字的前缀，里面放着gtf文件，命名为genes.gtf或者是gff尾缀