化合物相似性搜索_RDKit | 基于分子指纹的分子相似性

分子相似性：

相似性原理（similar property principle）指出，总体相似的分子应具有相似的生物活性。

相似性评估

化合物的指纹对于使用计算机考虑化合物的相似性是必需的。已经提出了各种评估方法，但是最常用的评估方法称为“ Tanimoto系数 ”。使用以下等式从两个分子A和B的位阵列指纹计算Tanimoto系数：

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导入库

import pandas as pd
from rdkit import rdBase, Chem, DataStructs
from rdkit.Avalon import pyAvalonTools
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Fingerprints import FingerprintMols
from rdkit.Chem.AtomPairs import Pairs, Torsions
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
%matplotlib inline

载入数据

suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011152835.sdf')
mols = [x