姓名替换python_perl或者python代码：批量修改进化树中基因ID或者物种ID名字 nwk文件...

有时候我们要对进化树当中的基因ID或者物种ID进行批量的修改，这里可以利用perl或者python 再结合正则表达式批量搜索替换，给出示例代码：

python实现替换：

import re,os

tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));"

names=re.findall(r"[a-zA-Z0-9_]+",tree)

f=open("newtree.nwk","w")

for i in names:

if not re.match(r'\d+$',i):

tree=tree.replace(i,i+"#1")

f.write(tree+"\n")

f.close()

perl实现替换：

$tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));";

@names=($tree=~/([a-zA-Z0-9_]+)/g);

open OUT ,">newtree.nwk" or die "can't open $name.nwk\n";

for my $name(@names){

if ( $name!~/^\d+$/){

$tree=~s/$name/$name#1/;

}

}

print OUT "$tree\n";

close(OUT);