系统发育分析中，最重要和最常见的内容为构建系统发育树。系统发育树也称为系统发生树（phylogenetic tree）、聚类树或者进化树（evolutionary tree）。以树状结构表示各个节点的进化关系，枝点可以是物种、同一物种的样本、基因等单元。
进化树中各个元素的介绍如图1所示
图1 进化树的结构示意图
根据是否指定了根节点，系统发育树可以分为有根树和无根树。
有根树指定了根节点，树中可以看出各个节点的距离和祖先节点以后各个分枝分化的先后关系，因此可以用于分化时间的推断；
无根树没有指定祖先节点，只能看出各个节点的拓扑结构和相对距离。
无根树和有根树图示如图2。图2左边的进化树只看到了材料的聚类关系和相对距离的远近，无法判断哪个分枝属于较为古老的分枝，哪个分枝为比较年轻的分枝；而图2右边的进化树加了外群，并且把外群指定为根，所以从图中除了可以看到材料的相对距离以外，还可以可以看到各个分枝材料的分化顺序。有根树根的选择应有所讲究，一般选择所研究的材料（根以下的全部材料）的最近的共同近缘种作为外群。
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