figtree如何编辑进化树_进化树的注释：ggtree

前几天我们构建了进化树，下一步就是对进化树进行可视化或者编辑注释。对进化树进行可视化的工具有很多，比如iTOL, Evolview等在线工具。但是不得不说，ggtree是一个非常强大的R包，完美继承了ggplot的图层加注释的模式。

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基本可视化的内容就不做详细介绍了，可以看文末推荐的博客。主要介绍一下常用的注释语法。

• 如何绘制带有支持率的进化树

##tree view#############################安装###if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))#install.packages("BiocManager")#BiocManager::install("ggtree")library(ggplot2)library(ggtree) library(treeio)##读取newick格式树文件tree1 "RAxML_bipartitions.result",node.label = ##基础绘图，默认布局是rectangular，即常见的phylogram树状图ggtree(tree, size=1.0) +      xlim(0,0.45) +                         ##x轴的范围  geom_text2(aes(label=support,hjust=-0.1),size=3)+   ##添加注释信息--支持率  geom_treescale() + theme_tree2()+                       theme(legend.position = "right")

• 如果不需要展示枝长/绘制其他类型的树/绘制节点的大小，颜色等

##不展示枝长ggtree(tree, layout="rectangular",branch.length = "none") +#geom_tiplab(size=3, hjust=-0.1) +        ##设置末端tip标签，hjust调整左右距离geom_tippoint(size=1, color="firebrick") +