weixin_40270911的博客

原创 R软件--GEO数据分析教程：差异性分析、富集分析（GO\KEGG\DO）

title: “GSE93798”output: word_documentknitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)R Markdown关于GSE93798的差异性分析、GO分析、KEGG分析、DO分析rm(list = ls()) #RStudio控制台(console)中出现少量中文乱码的解决方法Sys.setlocale("LC_ALL","...

原创 matplotlib绘制子图

第三回：布局格式定方圆import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltplt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] #用来正常显示中文标签plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False #用来正常显示负号一、子图1. 使用 plt.subplots 绘制均匀状态下的子图返回元素分别是画布和子图构成的列表，第一个数字

原创 matplotlib：艺术画笔见乾坤

matplotlib：艺术画笔见乾坤一、概述1. matplotlib的三层apimatplotlib的原理或者说基础逻辑是，用Artist对象在画布(canvas)上绘制(Render)图形。就和人作画的步骤类似：准备一块画布或画纸准备好颜料、画笔等制图工具作画[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-yc8tjX2g-1639920620014)(./api.png)]primitive和container之间的关系如下图所示：2. matp

原创 为什么选择matplotlib

为什么选择Matplotlib如果某天你发现自己要学习 Matplotlib, 很可能是因为:Matplotlib 是一个非常强大的 Python 画图工具;手中有很多数据, 可是不知道该怎么呈现这些数据.所以就找到了 Matplotlib. 它能帮你画出美丽的:线图;散点图;等高线图;条形图;柱状图;3D 图形,甚至是图形动画等等.一、认识matplotlibMatplotlib是一个Python 2D绘图库，能够以多种硬拷贝格式和跨平台的交互式环境生成出版物质量的图形，用来绘制

原创 双荧光素酶实验的操作流程

转化及质粒提取过程使用DH5α大肠杆菌感受态细胞进行转化，将公司送回的质粒干粉先于离心机顺式离心，然后加入适量的水进行溶解（因为质粒量很多也很好转染，这步加入多少的水对实验的结果都没有影响），然后再次顺式离心获得质粒溶液。购买的感受态细胞一般为100微升/支，取其中的三分之一作为质粒转化的量就足够了，即一管做三个转化。感受态细胞保存在-80℃的冰箱中，取出时必须置于冰箱进行融化。加入之前的质粒溶液3微升（不超过感受态细胞的十分之一），不允许吸打溶液，包括之前感受态细胞的分装也是。冰上孵育30-60 min

原创 细胞如何复苏

细胞的冻存和复苏采用“慢冻快融”的原则执行。提前将水浴锅预热到37℃，将装有细胞的冻存管从-80℃的冰箱内取出，放在水浴锅中晃动以加速解冻，同时注意水面不要没过管子的“O”形圈。提前在15 mL的离心管内加入9-10 mL的完全培养基，将融化完全的细胞从冻存管内吸出，加入到离心管内，温和吸打混匀，1000rpm低速离心5-7 min，弃掉上清，加入1-2 mL完全培养基温和混匀，转移到T25细胞培养瓶中，再加入2-3mL完全培养基，放在倒置显微镜下观察细胞数量及状态。细胞复苏后需要及时注意和观察细胞状态，

原创 如何在细胞间做细胞实验？

更换培养液我们使用的MEM培养中带有酚红指示剂来反应细胞培养中的pH情况，其中培养液的颜色为红色时表明培养的pH大于7.4，适合于绝大细胞的生长（当然这也包括HaCaT细胞），由于细胞培养过程中代谢废物的产生以及在CO2培养箱中CO2的溶解，培养液的pH会不断的下降，当指示剂中颜色变为橙色时，培养液的pH大约为7.2，细胞基本停止生长，当培养液的颜色变为黄色时，其pH则小于7.2，不利于细胞生长甚至容易发生细胞的死亡。培养液的颜色变化幅度不是恒定的，因为其受到培养瓶中细胞数目的影响，培养瓶中细胞密度低时个

原创 细胞间的无菌操作注意事项

进入细胞间时必须穿戴整齐细胞间内的实验服，更换鞋子或带上鞋套，更换口罩、手套，无论进入细胞室的时间多短，甚至是只进来开关紫外灯。接触细胞室内的东西时都需要佩戴手套，佩戴手套时减少与手套外表面与皮肤接触，如接触需要先在手套外表面喷洒酒精抹匀后再进行操作。每次需要使用细胞间时都需要提前0.5-1个小时将细胞室和洁净工作台紫外照射0.5-1小时。任何进入细胞间的物品都需要用酒精或者支原体去除液仔细擦拭物品的外表面，除不能进行紫外灭菌的质粒、抗生素之类外其他物品都需要紫外照射0.5-1小时后方可使用。如有.

原创 怎么检测细胞是否受支原体污染?

测过程待测样品的准备：为了准确判断细胞是否有支原体的污染，待测的细胞培养液样品需要取自换液后培养2-3天且汇合度在90%左右的细胞培养液上清（贴壁细胞）。悬浮培养的细胞也需要在换液传代后，让细胞生长2-3天再取培养液进行检测。可以按照以下两种方法之一进行样品的前处理：方法一（该方法无法去除可能的干扰物，显色被干扰的可能性相对较大）：（1）取150 μL上述待测样品到1.5 mL离心管内，在普通台式离心机上1000 rpm (大约150 g)低速离心5 minutes，取离心后的上清100 μL用于

原创 10秒提取文件夹内所有的文件名

你有没有遇到过这样的事情：想把某个文件夹内所有的文件名存成一个Excel或者txt?比如在b文件夹内，有上千张图片：此时我们只需要在cmd里面输入dir/b>>1.txt就可以把图片名全部写进1.txt里面哦有什么不懂的地方，可以随时私信哦，欢迎关注！...

原创 花落花开知Tmux

tmux是什么tmux（terminal multiplexer）是Linux上的终端复用神器，可从一个屏幕上管理多个终端（准确说是伪终端）。使用该工具，用户可以连接或断开会话，而保持终端在后台运行。Tmux的使用场景1）可以某个程序在执行时一直是输出状态，需要结合nohup、&来放在后台执行，并且ctrl+c结束。这时可以打开一个Tmux窗口，在该窗口里执行这个程序，用来保证该程序一直在执行中，只要Tmux这个窗口不关闭2）公司需要备份数据库时，数据量巨大，备份两三天弄不完，这时不小心关闭

原创 公开数据库申请的基本流程：UK Biobank

UK Biobank简称UKB，是目前为止世界范围内最大的人群研究之一，尤其是基因组测序数据，应该是全球最大的基因组数据，没有之一。这些数据是对外开放的，可供全球范围内的研究者申请使用。关于UKB相关的论文，我在这里就不絮叨了，大家可以去PubMed搜索一下。接下来向大家介绍一下UKB数据申请的基本流程：登录UKB的官方网址https://www.ukbiobank.ac.uk/，页面如下：点击上图中的Research login即可进入下面的页面：点击Sign up to access

原创 plink_合并多个bed文件常见问题

合并多个bed文件plink --bfile Uyghur --bmerge CEU_CHB_202.bed CEU_CHB_202.bim CEU_CHB_202.fam --make-bed --out merge_Uyghur_CEU_CHB合并时报错解决三以上等位基因的问题三等位基因所在文件：/xtdisk/chenhua_group/wangrzh/gene_interaction/merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp查看三等位基因数目：wc -l

原创 R语言:基本语法与常用函数

#1. 基本语法#(1) print语句print (“Hello world!”)#(2) 变量赋值var1 <- 1var2 <- “a”var3 <- TRUE#(3) 运算符#① 算术运算符a <- 3b <- 10print(a+b) #13print(b-a) #7print(a*b) #30print(b/a) #3.333333print(b%%a) #1,取余print(b%/%a) #3,取商print(b^a) #1000

原创 生信分析预处理：plink两种格式识别与转换

生信分析预处理：plink两种格式识别与转换文件格式1bed fam bim 是一组的：bedbed文件采用二进制的方式保存文件，代表的数据意义和其他两个文件对应；bim1.第一列是染色体信息2.第二列是snp的名字3.第三列是摩尔距离，文件中说可以用0，没关系4.第四列是物理距离5.第五列是次要等位基因6.第六列是主要等位基因举例：fam举例：文件格式2ped 和 map 是一组的ped举例每一行是一个个体，前六列是固定的，从第七列开始后面就是每个snp

原创 第四期：温故知新——回顾性临床研究的科研思路

目前现状临床科研的目的临床科研的必要性临床科研无捷径案例一案例二案例三

原创 第三期：医学SCI论文结构和写作技巧

详情可见：https://shimo.im/mindmaps/elIOtw79dQ8eu9Uo/ 《副本 第三期：医学SCI论文结构和写作技巧》，可复制链接后用石墨文档 App 或小程序打开

原创 医学基础科研SCI论文：基础科研五恒量

原创 第二期 青年医生临床科研的意义与能力培养

原创 如何使用Git命令将项目克隆下来

工具/原料Githttps://git-scm.com/download/win步骤第一步在本地新建一个文件夹，作为本地仓库，如“DisGeNET数据库”。打开git，输入命令：cd /C/Users/lenovo/Desktop/DisGeNET数据库 然后按回车键进入到该文件夹目录下，如下图：第二步将本地仓库初始化，命令：git init 如下图：第三步将你需要的项目从github或者服务器上克隆下来，命令：git clone url url为项目服务器地址或git

原创 第一期 ：如何从临床问题出发开展科学研究

原创 利用R进行机器学习：逻辑斯蒂回归与判别分析

温馨提示：代码运行过程中，有任何问题可留言，定答复！#有一种方法可以看出逻辑斯蒂回归和线性回归之间的联系，#逻辑斯蒂回归就是以对数发生比 为响应变量进行线性拟合，即log(P(Y)/1  P(Y)) =B0+B1x。#这里的系数是通过极大似然估计得到 的，而不是通过OLS。#极大似然的直观意义就是，我们要找到一对B0和B1的估计值，使它们产生 的对观测的预测概率尽可能接近Y的实际观测结果...

原创 线性回归：机器学习基础技术_markdown

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)R Markdown###############单变量回归#######################对于R或其他相关软件，只要有输 入，就会给出一个结果。#但是，仅凭数学上有意义和很高的相关性以及漂亮的R方统计量，是不 能认为结论正确的。 ##Anscombe数据集：用来强调数据可视化和异常值在数据分析中的...

原创 python入门：基本数据类型实操

print("Hello World！ \n" "你好，世界！")Hello World！ 你好，世界！print("Hello World！\你好，世界！")Hello World！你好，世界！print("Hello World！ \\n" "你好，世界！") #‘’或者”“都是字符串的标志，\n是换行的特殊字符，但是，再加一个\...

原创 深度学习之智能问答机器人实战

深度学习之智能问答机器人实战 class1对话类型基于知识库问答录入问题和答案设计标准问题的相似问题使用搜索和排序，根据相似度返回结果基于规则脚本以一定的语法定义规则常用正则表达式等约束通过钩子追踪槽位基于意图识别使用说法定义意图分类模型利用序列标注识别槽位信息统计机器学习应用于文本处理任务分词/Part of Speech命名实体识别...