plink_合并多个bed文件常见问题

合并多个bed文件

plink --bfile Uyghur --bmerge CEU_CHB_202.bed CEU_CHB_202.bim CEU_CHB_202.fam --make-bed --out merge_Uyghur_CEU_CHB

合并时报错

图片

解决三以上等位基因的问题

三等位基因所在文件:

/xtdisk/chenhua_group/wangrzh/gene_interaction/merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp

图片

查看三等位基因数目:

wc -l merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp

图片

去除三等位基因:

去除前:

图片

plink --bfile CEU_CHB_202 --exclude merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp --make-bed --out CEU_CHB_202_rm

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