plink_合并多个bed文件常见问题

最新推荐文章于 2024-12-31 21:09:28 发布
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分类专栏： 原创实操 文章标签： linux 数据挖掘 机器学习 深度学习
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本文介绍了如何使用plink合并多个bed文件时遇到的错误，特别是处理三等位基因问题的方法。通过检查错误文件、统计三等位基因数量，并使用plink的排除功能去除这些基因，最终成功完成合并。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

合并多个bed文件

plink --bfile Uyghur --bmerge CEU_CHB_202.bed CEU_CHB_202.bim CEU_CHB_202.fam --make-bed --out merge_Uyghur_CEU_CHB

合并时报错

图片

解决三以上等位基因的问题

三等位基因所在文件：

/xtdisk/chenhua_group/wangrzh/gene_interaction/merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp

图片

查看三等位基因数目：

wc -l merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp

图片

去除三等位基因：

去除前：

图片

plink --bfile CEU_CHB_202 --exclude merge_Uyghur_CEU_CHB-merge.missnp --make-bed --out CEU_CHB_202_rm3

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