installation of package ‘scRNAseq’ had non-zero exit status问题解决策略

BiocManager::install(c('scRNAseq'),ask = F,update = F)

使用如上代码，尝试安装R包“scRNAseq”。在安装的过程中出现如下错误，且无法加载R包。

Error: package or namespace load failed for 'S4Vectors':

 在从名字空间'S4Vectors'中出口方法时发现了不是S4通用的函数'%in%'
错误: 无法载入程辑包'S4Vectors'
此外: Warning messages:
1: 程辑包'SingleCellExperiment'是用R版本3.6.1 来建造的 
2: 程辑包'S4Vectors'是用R版本3.6.3 来建造的 
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'scRNAseq'
* removing 'C:/Program Files/R/R-3.6.0/library/scRNAseq'

The downloaded source packages are in
	‘C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpiUxCdE\downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages(...) :
  installation of package ‘scRNAseq’ had non-zero exit status

推断是由于待安装的R包的版本与电脑平台上的R程序不匹配。

使用version指令查看R版本。

version

platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          6.0                         
year           2019                        
month          04                          
day            26                          
svn rev        76424                       
language       R                           
version.string R version 3.6.0 (2019-04-26)
nickname       Planting of a Tree  

我的R版本是3.6.0，而待安装的R包的版本是3.6.1及以上。于是尝试着更新R后，再安装相应的R包。

打开Rgui,输入以下代码，更新R版本。

library(installr)
updateR()

更新至4.0.4版本。

1 hours later……（因为更新了R，就出现了配套的一系列问题，比如更新biomanager）

https://blog.csdn.net/u014801157/article/details/62884401

当把所有的R包更新到匹配的版本之后。

重新下载安装R包“scRNAseq”。

问题解决。加载scRNAseq中的数据集fluidigm。

https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4529125

library(scRNAseq)
fluidigm <- ReprocessedFluidigmData()
head(fluidigm)
data<-floor(assays(fluidigm)$rsem_counts)
head(data)