R读取gmt文件的六种方式

最新推荐文章于 2025-04-02 16:20:48 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： gmt R
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R读取gmt文件的六种方式

kegg_geneset1 <- qusage::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是list
kegg_geneset2 <- clusterProfiler::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是表格
kegg_geneset3 <- GSA::GSA.read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #"GSA.genesets", 返回的是list
kegg_geneset4 <- GSEABase::getGmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #list中的list, "GeneSetCollection"
kegg_geneset5 <- cogena::gmt2list("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #list
kegg_geneset6 <- mogsa::prepMsigDB("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #list
R语言读取hallmarks的gmt文档的不同姿势整理
m0_58549466的博客
12-18 488
不同格式各有所用。
GSEA下载的.gmt文件批量处理
NickyCat的博客
04-15 3710
从GSEA下载了84个gmt文件，打算把里面的基因名整理出来。 0. 先观察一下格式 记事本打开几个个文件看了一眼，基本上都是以基因描述+基因名称展现的，中间用制表符隔开。 1. 数据读取 这里涉及到两个问题： 首先是.gmt文件的读取：我用了GSA包的GSA.read.gmt()； 其次是批量读取的实现：我用了lapply()函数 install.packages('GSA') library(GSA) path <- 'D:/immune' #文件的路径 fileNames <- dir
差异基因富集分析（R语言——GO&KEGG&GSEA）
m0_74823094的博客
12-09 2509
接着上次的内容，上篇内容给大家分享了基因表达量怎么做分组差异分析，从而获得差异基因集，想了解的可以去看一下，这篇主要给大家分享一下得到显著差异基因集后怎么做一下通路富集。
Generic Mapping Tools（GMT）：开源的地球、海洋和行星科学的工具箱、Python与matlab包
最新发布
weixin_43416590的博客
04-02 666
GMT是一款开源软件，专门用于生成地图、数据可视化和空间分析，处理数据、生成出版质量的插图， 自动化工作流程，制作动画，科学期刊、 会议海报和更多出版物的插图等。GMT是一款开源的工具，支持。几十年来，GMT 一直在 UNIX 和 Windows 命令行中使用；最近，GMT 被重建为应用程序编程接口 （API），所以现在可以通过。等语言，可以在多种操作系统种运行，还是很方便、强大的。下面，我们将从软件的主要功能、支持的系统、软件官网等方面对其进行简单的介绍。大家好，今天为大家介绍的软件是。
GMT-R选项
心灵的一间小屋
03-21 1500
 -R定义了地图区域或者兴趣数据的范围，可以使用以下四种方式的任意一种指定 1、  -Rxmin/xmax/ymin/ymax这是一种当子午线和纬圈？都是直线的投影的情况下指定数据域和地图区域的一种标准的方法。 2、-Rxlleft/ylleft/xuright/yurightr这种形式用于地图投影的子午线和纬线倾斜，难以确定子午线和纬线边界的情况。因此，我们指定左下角和右
GMT参考文件
01-30
Graphic Mapping Tool（GMT） 参考文件
R语言读文件
maurine的博客
08-26 1055
#读文本数据 scan(file="测试数据.txt",skip = 1,what = double()) #读到数据框 claimfrm<-read.table(file="车险数据.txt",header = TRUE,sep =" ") str(claimfrm) names(claimfrm) head(claimfrm) #取消转换因子并且强制转换类型 ClaimData<-read.ta
task3a_gmt函数
coding_Joash的博客
09-22 790
gmt文件定义 gmt格式是多列注释文件，列与列之间都是TAB分割。 第1列： 是基因所属基因集的名字，可以是通路名字，也可以是自己定义的任何名字。 第2列 ：官方提供的格式是URL，可以是任意字符串。 第3列-第n列： 后面是基因集内基因的名字，有几个写几列。 library(clusterProfiler) data(gcSample) #加载gcSample数据集 #第一列用X1-X8，第二列无内容用‘NA’代替，第三列-第N列为基因的entrenz id #文件以制表符分隔开 get_gmt
批量读取NC文件并转为tif格式导出
02-25
1.该资源为使用matlab编写 2.下载后可直接使用 3.将代码中文件路径改为自己nc文件路径即可 4.批量实现nc文件读取并导出为tif格式文件 5.提供源代码 6.可根据需求修改代码 7.使用简单方便 8.代码中包含清晰注释
R关于文件的批量读取
m0_54805973的博客
09-02 4464
得到一个文件夹内都是A1_1.xlsx,A1_2.xlsx的格式如图所示 先是批量转化成csv格式: 方法(利用excel的开发工具(编程功能)): 1.先该目录下建立一个新的xlsx,在表头(sheet1)右键选择查看代码 2.在代码区输入以下代码: 实际代码如下 Sub xls2csv() Application.DisplayAlerts = False t = ActiveWorkbook.Name mypath = ActiveWorkbook.Path &am
GMT格式文件
shy_321的博客
09-25 4333
GMT GMT: Gene Matrix Transposed file format (*.gmt)。GMT 文件格式是一种以制表符分隔的文件格式，用于描述基因集。 在 GMT 格式中，每一行代表一个基因集。其中每一行，分三个部分： 第一列，基因集名，不可重复 第二列， 对该基因集的描述，可简单填充为’na’ 剩余列，都是属于该基因集的基因，不同基因集，基因数量可不同 生成GMT文件 library(clusterProfiler) data(gcSample) ## 使用测试数据集 #> c
写一个函数把基因集写出成为gmt文件
m0_51042606的博客
10-04 4984
作业3-1：https://mp.weixin.qq.com/s/KuT_idnNE3kib-R0ItIt1A 代码借鉴Jimmy老师的，学习如何将一个基因集写出成为gmt文件。 1. 关于gmt文件 在做GSEA或GSVA分析的时候，通常需要读入gmt格式的文件，一般是在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库里下载的文件，如下: 标准的gmt格式文件为： 从图里可以看到，第一列是基因集的名称或者ID，第二列是相关注释(比如某个通路，也可自定义)，第3~n列是对
GMT读取nc文件并制图
weixin_44535642的博客
12-29 1103
新手学习GMT制图，如有错误，请多多指教。本节主要通过GMT读取nc文件并制图。
MSigDB数据库
weixin_59289660的博客
08-05 9471
包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词，如“lactate”3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件。2、选中所需的基因集，并选择导出.gmt文件。MSigDB中的所有基因集被划分为。.........
R语言：GSEA分析
weixin_69558614的博客
05-13 1297
安装软件包> if (!#加载软件包#设置变量> head(rt)head(rt))\\-(.*?)\\-(.*?#排序#GESA分析dev.off()dev.off()一起学习交流。
R语言——基于clusterProfiler的GSEV数据分析
codyliu_bo的博客
10-31 838
在进行差异分析过程中，尤其是食品中一些功能因子的添加可能影响并不在几个基因上，而是对于一系列基因有着一定的影响，这些影响可能集中在某一些通路上面。因此，联合分析某一些通路上，或者某些特定组合上的基因变化，对于寻找差异不是特别明显，但是却有实际作用的基因特别重要。但是为了下一步的数据处理，我们只可以将没有转化成功的予以丢弃，同时把转化成功的数据和对应的logFC值组成下一步处理需要的文献。转化之后，一个严重的问题，在于很多基因名称在转化过程中并没有对应，我们现在不知道原因，转化为需要的数据格式，这里要注意，
生信笔记 | 自定义GSEA分析中的gmt格式文件
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BioInfoNotes
09-23 1万+
在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集，下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件，打开后可以看见是...
Down stream of RNA-seq 03 (GSVA)
ymy2019的博客
01-04 454
Down stream of RNA-seq 03 (GSVA)
给GSVA制作自己的GMT文件
SPIDERFISHCOSMOS
09-20 5827
https://www.jianshu.com/p/1818267528bd 来自生信技能树 讲gmt文件的结构以及如何将gene set输出成gmt格式。 如何操作gmt格式的gene set？比如去掉重复基因。
GMT中的栅格文件.nc是什么意思，用什么读取该数据文件
11-10
在GMT (Generic Mapping Tools) 中，`.nc` 文件通常是指 NetCDF 格式的数据文件，这种文件用于存储多种科学和地球观测数据，包括栅格数据，比如气候模型输出、遥感数据等。NetCDF (Network Common Data Form) 是一种非常流行的二进制文件格式，支持多维数组和自描述元数据，非常适合存储地球系统数据。 如果想要在 GMT 中读取 `.nc` 格式的栅格数据，可以利用 GMT 自带的一些工具，其中 `grdcut` 或者更高级的 `gmt grdinfo` 命令常用于处理 NetCDF 数据。下面是一些基本的步骤： 1. 使用 `grdcut` 命令： - 首先，你需要知道数据的具体路径和文件名，比如 `data.nc`。 - 然后，指定要提取的栅格数据所在的维度（可能需要 `-X` 和 `-Y` 参数），以及区域范围 (-R)。 ``` gmt grdcut data.nc -Xxstart:xend -Yystart:yend -Rregion -o output.grd ``` 这里 `output.grd` 就会是一个新的栅格文件。 2. 如果你想查看文件内容，可以使用 `gmt grdinfo` 命令： ``` gmt grdinfo data.nc ``` 这将提供关于数据的信息，包括变量名称、坐标轴信息等。 3. 若要直接读取数据并在地图上显示，可能需要先用其他软件如 NCL (NCAR Command Language) 或 Python 的 netCDF4 库来读取，然后再转换成 GMT 可识别的格式。 注意：这些操作都需要对 GMT 命令有基本了解，并确保你已经在环境中设置了 GMT 的路径。
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